More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2929 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 257 aa  506  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  75.78 
 
 		 265 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2543  GntR domain-containing protein  61.48 
 
 		 260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4400  GntR domain-containing protein  54.22 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.367956  normal  0.0999899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1414  GntR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  46.88 
 
 		 285 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1719  GntR domain-containing protein  43.85 
 
 		 254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  hitchhiker  0.00929417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 255 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  41.2 
 
 		 255 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  42.86 
 
 		 270 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  40.8 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  41.96 
 
 		 270 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  40.17 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  38.8 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  37.35 
 
 		 263 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  41 
 
 		 254 aa  168  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  41.7 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  41.7 
 
 		 250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  42.27 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  42.27 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  42.27 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  39.04 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  41.28 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  40.68 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  40.68 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  40.68 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  40.91 
 
 		 254 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  40.91 
 
 		 254 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  40.91 
 
 		 254 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  40.25 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  40.91 
 
 		 254 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  40.68 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  40.25 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  40.25 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  40.25 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  40.91 
 
 		 254 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  40.17 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  39.57 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  40.62 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  40 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  41.36 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  38.25 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  39.83 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  40.91 
 
 		 254 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  40.62 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 257 aa  155  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  37.07 
 
 		 251 aa  155  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  39.57 
 
 		 250 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  39.41 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  39.58 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 258 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  36.82 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  37.45 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  38.36 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  37.44 
 
 		 255 aa  142  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  33.74 
 
 		 249 aa  142  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  38.91 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  44.24 
 
 		 256 aa  142  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  36.76 
 
 		 259 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02849  DNA-binding transcriptional dual regulator, glycolate-binding  37.05 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0051984  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0716  GntR domain protein  37.05 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0720  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.05 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3258  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.05 
 
 		 256 aa  141  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3153  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.05 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02799  hypothetical protein  37.05 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00647704  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3440  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.05 
 
 		 254 aa  141  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.55 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  40.27 
 
 		 255 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.8 
 
 		 254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.05 
 
 		 259 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  39.63 
 
 		 255 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  39.73 
 
 		 255 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  38.21 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  38.21 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.65 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  38.02 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  39.53 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.04 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  37.21 
 
 		 260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  37.04 
 
 		 251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  35.27 
 
 		 256 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  35.27 
 
 		 256 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>