More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4012 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  100 
 
 
254 aa  512  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  94.49 
 
 
278 aa  464  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  94.49 
 
 
254 aa  464  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  88.19 
 
 
254 aa  442  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  88.19 
 
 
254 aa  437  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  88.19 
 
 
254 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  87.4 
 
 
254 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  86.61 
 
 
254 aa  423  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  86.75 
 
 
254 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.739593 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  86.75 
 
 
254 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  86.75 
 
 
254 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  86.75 
 
 
254 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  86.75 
 
 
254 aa  410  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  87.61 
 
 
254 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  70.12 
 
 
256 aa  360  9e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  70.47 
 
 
256 aa  360  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  69.69 
 
 
255 aa  341  8e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  68.5 
 
 
255 aa  337  9.999999999999999e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  58 
 
 
250 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  57.6 
 
 
250 aa  296  1e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  58 
 
 
250 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  58 
 
 
250 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  58 
 
 
250 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  58.57 
 
 
250 aa  295  5e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  57.6 
 
 
250 aa  294  8e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  57.2 
 
 
250 aa  294  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  57.2 
 
 
250 aa  294  1e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  57.2 
 
 
250 aa  294  1e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  57.2 
 
 
250 aa  294  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  57.6 
 
 
250 aa  292  4e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  56.4 
 
 
250 aa  290  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  56.4 
 
 
250 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  56.8 
 
 
250 aa  287  9e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  55.6 
 
 
250 aa  286  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  54.22 
 
 
249 aa  274  8e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  52.85 
 
 
263 aa  271  5.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  51.45 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  47.35 
 
 
251 aa  235  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  46.34 
 
 
258 aa  231  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  48.43 
 
 
261 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
255 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
257 aa  206  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  46.47 
 
 
257 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  46.47 
 
 
257 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  43.97 
 
 
255 aa  202  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  47.11 
 
 
258 aa  201  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  46.89 
 
 
261 aa  201  8e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  45.17 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  45.56 
 
 
255 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  45.56 
 
 
255 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  45.56 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  45.85 
 
 
256 aa  191  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  44.05 
 
 
270 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
270 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  41.43 
 
 
270 aa  185  7e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
255 aa  180  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  39.74 
 
 
255 aa  168  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  41 
 
 
257 aa  168  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
255 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  40 
 
 
255 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  40 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  40.32 
 
 
255 aa  162  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  38.4 
 
 
265 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  40.98 
 
 
254 aa  162  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  38 
 
 
285 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
255 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
288 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  38.06 
 
 
257 aa  158  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
239 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
239 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
239 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  38.87 
 
 
258 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  38.84 
 
 
258 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
318 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
228 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  38.02 
 
 
258 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  38.46 
 
 
258 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  38.46 
 
 
258 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  40.37 
 
 
247 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  40 
 
 
248 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
366 aa  153  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
248 aa  151  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  39.73 
 
 
234 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  36.52 
 
 
243 aa  150  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  35.54 
 
 
258 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.54 
 
 
258 aa  149  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  35.54 
 
 
258 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.54 
 
 
258 aa  149  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.54 
 
 
258 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.54 
 
 
258 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.54 
 
 
258 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>