More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3405 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  100 
 
 
239 aa  481  1e-135  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  59.66 
 
 
245 aa  292  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  53.48 
 
 
233 aa  247  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  45.38 
 
 
240 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  45.57 
 
 
238 aa  201  8e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  43.51 
 
 
239 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  44.02 
 
 
241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  43.91 
 
 
232 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  43.67 
 
 
241 aa  179  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  40.43 
 
 
240 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
241 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  43.48 
 
 
215 aa  158  6e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  43 
 
 
218 aa  158  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
218 aa  157  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  43.48 
 
 
218 aa  157  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 
218 aa  156  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 
218 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
218 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
218 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
218 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
218 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  42.03 
 
 
218 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  36.91 
 
 
243 aa  150  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  34.89 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  34.89 
 
 
240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  37.73 
 
 
239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  36.1 
 
 
239 aa  144  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  34.04 
 
 
258 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  34.8 
 
 
239 aa  136  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  35.22 
 
 
231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  34.5 
 
 
238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34.48 
 
 
235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  35.27 
 
 
226 aa  129  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 
235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  34.53 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  36.7 
 
 
233 aa  128  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  35.4 
 
 
224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.96 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.96 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.35 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  33.91 
 
 
233 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.05 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.33 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  32.54 
 
 
255 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  32.54 
 
 
255 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  32.4 
 
 
253 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  32.54 
 
 
255 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.49 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  34.7 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
255 aa  125  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.19 
 
 
257 aa  125  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
232 aa  125  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  34.35 
 
 
235 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  34.65 
 
 
230 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  35.32 
 
 
254 aa  124  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
249 aa  124  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.75 
 
 
258 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
255 aa  123  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  32.31 
 
 
258 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  32.31 
 
 
258 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.31 
 
 
258 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 
255 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.31 
 
 
258 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  32 
 
 
253 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
255 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
251 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  32.31 
 
 
258 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  30.3 
 
 
228 aa  123  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.31 
 
 
258 aa  122  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 
252 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 
255 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.31 
 
 
258 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
256 aa  122  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.88 
 
 
258 aa  121  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.91 
 
 
255 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  36.49 
 
 
227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  33.05 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  31.22 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
235 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  35.21 
 
 
233 aa  118  9e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  32.62 
 
 
254 aa  118  9e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  34.08 
 
 
259 aa  118  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
269 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  29.57 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  30.74 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  34.62 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0272  GntR domain protein  33.48 
 
 
232 aa  116  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.554263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>