More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0156 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  100 
 
 		 230 aa  454  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  47.35 
 
 		 238 aa  186  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  46.36 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  45.54 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  42.86 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 236 aa  169  5e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  36.68 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  34.65 
 
 		 239 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 240 aa  118  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  34.09 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  35.71 
 
 		 243 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  34.09 
 
 		 228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 235 aa  115  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  33.03 
 
 		 252 aa  115  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  36.52 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  36.62 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.63 
 
 		 241 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  32.09 
 
 		 250 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  32.71 
 
 		 241 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  32.16 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  31.53 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4241  regulatory protein GntR HTH  31.49 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000218359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  31.98 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  32.13 
 
 		 250 aa  105  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  32.46 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  32.46 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  32.46 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  32.46 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  31.48 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  30.34 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3767  regulatory protein GntR, HTH  31.7 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000910713  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  32.88 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  32.88 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  32.88 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  32.88 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  32.74 
 
 		 250 aa  101  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 249 aa  101  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0272  GntR domain protein  33.65 
 
 		 232 aa  101  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.554263 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 233 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  34.5 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1662  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00118308  normal  0.121792 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  30.26 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 252 aa  99.8  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4262  regulatory protein GntR HTH  31.7 
 
 		 244 aa  99.8  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  34.48 
 
 		 254 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  34.48 
 
 		 254 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  34.48 
 
 		 254 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  34.48 
 
 		 254 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  31.58 
 
 		 250 aa  99  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  34.48 
 
 		 254 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 		 239 aa  98.6  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4009  regulatory protein GntR, HTH  31.25 
 
 		 245 aa  98.6  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4358  regulatory protein GntR, HTH  31.25 
 
 		 245 aa  98.6  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  36.95 
 
 		 218 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.33 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5996  regulatory protein GntR HTH  31.03 
 
 		 245 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.802632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 248 aa  98.2  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  33.05 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  31.82 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  34.88 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  31.36 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  33.62 
 
 		 254 aa  96.7  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  31.98 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.9 
 
 		 235 aa  97.1  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 251 aa  96.3  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  34.72 
 
 		 223 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  34.39 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  33.93 
 
 		 254 aa  96.3  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  32.08 
 
 		 271 aa  95.9  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  33.47 
 
 		 278 aa  95.5  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  31.34 
 
 		 246 aa  95.5  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  34.48 
 
 		 249 aa  95.5  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  34.5 
 
 		 254 aa  95.1  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  34.5 
 
 		 254 aa  95.1  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 257 aa  95.1  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  33.47 
 
 		 253 aa  94.7  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  30.91 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  30.91 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  30.91 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  33.47 
 
 		 253 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  30.91 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>