More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1313 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 
232 aa  466  1.0000000000000001e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  37.73 
 
 
228 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  38.43 
 
 
228 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.87 
 
 
241 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  31.28 
 
 
240 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 
256 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.48 
 
 
230 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  25 
 
 
245 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  30.09 
 
 
233 aa  102  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
236 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 
269 aa  96.7  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
249 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  25.78 
 
 
239 aa  95.1  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
230 aa  94.7  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  26.7 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
232 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  27.8 
 
 
240 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  26.64 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.22 
 
 
241 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  26.42 
 
 
238 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  26.27 
 
 
258 aa  90.9  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  27.63 
 
 
255 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  29.77 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.83 
 
 
257 aa  90.1  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  29.73 
 
 
251 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  25.78 
 
 
241 aa  89.4  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05160  transcriptional regulator, GntR family  25.74 
 
 
253 aa  89.7  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  27.68 
 
 
253 aa  89  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  29.28 
 
 
251 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  27.12 
 
 
254 aa  88.6  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  31.1 
 
 
245 aa  88.2  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  26.5 
 
 
238 aa  88.2  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  28.32 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  28.14 
 
 
252 aa  87  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  29.68 
 
 
231 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  26.55 
 
 
241 aa  86.3  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  27.93 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
303 aa  86.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
225 aa  86.3  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  29.18 
 
 
237 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  27.73 
 
 
242 aa  85.5  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  26.54 
 
 
250 aa  85.5  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  31.45 
 
 
255 aa  85.1  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 
267 aa  85.1  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0774  regulatory protein GntR HTH  30.12 
 
 
227 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  28.51 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  28.63 
 
 
237 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  27.92 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
255 aa  84  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  30.51 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  24.37 
 
 
256 aa  83.6  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  26.53 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4384  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4765  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  27.27 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2592  GntR domain protein  31.14 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.13093  normal  0.0457135 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4471  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.788198 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  25.42 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  25.42 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  23.11 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0375  GntR domain protein  24.66 
 
 
234 aa  82.4  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.400874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  25.64 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  30.63 
 
 
257 aa  82  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  25.66 
 
 
248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  22.67 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
261 aa  81.6  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  26.27 
 
 
254 aa  81.6  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  25.56 
 
 
239 aa  81.6  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  29.63 
 
 
233 aa  80.9  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.42 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
252 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.42 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1365  GntR domain-containing protein  31.93 
 
 
224 aa  81.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  25.34 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  27.83 
 
 
272 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  28.83 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  25.23 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.42 
 
 
258 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  26.09 
 
 
238 aa  80.5  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  26.32 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  26.97 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  27.06 
 
 
261 aa  80.1  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.12 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.12 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  32.12 
 
 
222 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>