More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3384 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 239 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  87.39 
 
 		 241 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  68.8 
 
 		 241 aa  327  9e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  64.81 
 
 		 241 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  64.71 
 
 		 242 aa  307  8e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4146  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.994574  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 267 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 261 aa  108  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  32.5 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  29.69 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.03 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  31.14 
 
 		 254 aa  99.4  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 		 257 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 		 257 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 		 257 aa  97.1  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 		 257 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 279 aa  96.7  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 256 aa  95.5  6e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.19 
 
 		 257 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  33.19 
 
 		 257 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  33.19 
 
 		 257 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  33.19 
 
 		 257 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  33.48 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.19 
 
 		 257 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 255 aa  95.1  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.67 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  31.98 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.04 
 
 		 239 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  32.19 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  32.17 
 
 		 244 aa  92  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  32.17 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  32.61 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  37.21 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  32.89 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  32.89 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  32.31 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  32.31 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  32.31 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 303 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  30.88 
 
 		 233 aa  89.4  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  32.31 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  29.07 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  31.82 
 
 		 237 aa  89.4  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 241 aa  89  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  33.78 
 
 		 230 aa  89  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  31.2 
 
 		 255 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  31.2 
 
 		 255 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  31.2 
 
 		 255 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  34.26 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  33.7 
 
 		 261 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.37 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.37 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.37 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  29.39 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.37 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 261 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  29.82 
 
 		 239 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.37 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  28.7 
 
 		 338 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  26.52 
 
 		 266 aa  86.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  31.05 
 
 		 253 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  27.93 
 
 		 232 aa  86.3  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  29 
 
 		 240 aa  85.9  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  28.95 
 
 		 271 aa  85.9  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29 
 
 		 240 aa  85.9  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  29.57 
 
 		 320 aa  85.9  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  28.02 
 
 		 225 aa  85.5  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  28.05 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  30.65 
 
 		 253 aa  85.5  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.48 
 
 		 259 aa  85.1  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  30.9 
 
 		 243 aa  85.1  8e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 257 aa  85.1  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  32.74 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  31.58 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  28.95 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  35.27 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  27.78 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.42 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  30.14 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  29.69 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  30.17 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  30.41 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  30.9 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  32.74 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  33.81 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>