More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4063 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  471  1e-132  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  48.23 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  46.82 
 
 		 226 aa  172  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  35.27 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 		 253 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  35.75 
 
 		 227 aa  102  8e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  38.95 
 
 		 255 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  35.29 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  31.28 
 
 		 242 aa  99  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  34.84 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  33.33 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 238 aa  96.7  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  36.1 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  36.49 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  33.18 
 
 		 241 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  95.1  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  30.62 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  34.7 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  35.83 
 
 		 247 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.6 
 
 		 245 aa  94.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  36.12 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  35.91 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 239 aa  93.2  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 255 aa  92.8  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 246 aa  92.4  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  33.95 
 
 		 235 aa  91.7  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  36.28 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 249 aa  90.9  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  31.95 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  31.95 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  31.95 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  30.67 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  30.7 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.73 
 
 		 240 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  30.7 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  30.7 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  29.91 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  30.42 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  33.04 
 
 		 231 aa  88.6  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 242 aa  89  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  34.2 
 
 		 254 aa  88.6  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  30.8 
 
 		 253 aa  88.6  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  31.49 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  35.37 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  29.86 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  30.8 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  31.47 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  32.92 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  34.06 
 
 		 240 aa  86.3  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  34.8 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  32.89 
 
 		 256 aa  85.9  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  31.49 
 
 		 256 aa  86.3  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 234 aa  85.9  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 259 aa  85.5  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  29.57 
 
 		 244 aa  85.1  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  29.13 
 
 		 244 aa  85.1  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.7 
 
 		 241 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  34.62 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.9 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.51 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  32.31 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.31 
 
 		 268 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4061  regulatory protein GntR, HTH  35.37 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  30.91 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29.71 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2282  regulatory protein GntR, HTH  32.92 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  32.43 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  28.19 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  32.05 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  34.48 
 
 		 253 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 262 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  31.25 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  34.57 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  32.88 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  31.19 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>