More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1447 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 259 aa  360  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  64.17 
 
 		 242 aa  289  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  44.21 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  43.56 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  36.76 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  32.24 
 
 		 242 aa  98.6  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  31.9 
 
 		 256 aa  85.1  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  36.15 
 
 		 241 aa  85.1  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  35.41 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  31.86 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 267 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  27.27 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  27.78 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  31.53 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  28.5 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  35.94 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  30.26 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  31.11 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  30.36 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  30.36 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  30.36 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 216 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  35.68 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  32.87 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  29.22 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30.43 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  32.39 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  31.87 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.39 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.8 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  34 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  27.39 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  27.57 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  28.25 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  32.22 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  34.01 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.91 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  32.64 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  33.71 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  37.06 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  28.33 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  31.13 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  30.41 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  29.44 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  34.52 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  30.59 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  30.77 
 
 		 227 aa  72  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.76 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  28.82 
 
 		 255 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 231 aa  72  0.000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  31.34 
 
 		 255 aa  72  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 215 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  34.55 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  31.9 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1141  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  25.71 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  31.36 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  27.35 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  28.09 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  33.5 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  31.34 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.49 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  31.44 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  32.26 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  31.78 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  29.91 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 252 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  29.82 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  31.44 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  29.94 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4146  GntR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.994574  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.06 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.06 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>