More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2500 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  100 
 
 		 243 aa  498  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  34.63 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  32.9 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  30.22 
 
 		 256 aa  128  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  31.03 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 279 aa  122  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  30.6 
 
 		 259 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 238 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 273 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.96 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  30.6 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  30.18 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 232 aa  112  5e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 233 aa  112  5e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  30.84 
 
 		 338 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  31.14 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 241 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.16 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  28.95 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  28.95 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 277 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.2 
 
 		 240 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 281 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 282 aa  108  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  30.87 
 
 		 282 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.97 
 
 		 258 aa  108  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 249 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  29.55 
 
 		 278 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.13 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  29.69 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 267 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  34.36 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  27.83 
 
 		 285 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  27.83 
 
 		 285 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.22 
 
 		 241 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  27.66 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  30.17 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  29.63 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  30.7 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30 
 
 		 255 aa  103  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  31.36 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  31.91 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  29.91 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  31.6 
 
 		 241 aa  102  8e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  31.36 
 
 		 240 aa  101  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  32.72 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  27.52 
 
 		 264 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 218 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  29.86 
 
 		 218 aa  99.4  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 218 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  29.72 
 
 		 215 aa  99.4  5e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  30.34 
 
 		 258 aa  99  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  28.71 
 
 		 272 aa  99  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.95 
 
 		 250 aa  99  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 247 aa  98.6  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 246 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  30.77 
 
 		 241 aa  98.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  29.09 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  30.04 
 
 		 231 aa  98.2  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  30.8 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  31.19 
 
 		 254 aa  97.4  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  29.02 
 
 		 264 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  29.6 
 
 		 267 aa  96.7  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  28.44 
 
 		 228 aa  95.9  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  27.23 
 
 		 260 aa  95.5  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  32.49 
 
 		 250 aa  95.5  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  28.44 
 
 		 228 aa  95.1  9e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  30.17 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  26.79 
 
 		 259 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 242 aa  94.7  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  31.84 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  29.36 
 
 		 235 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 226 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  27.31 
 
 		 256 aa  93.2  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.86 
 
 		 257 aa  93.2  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  28.32 
 
 		 241 aa  92.8  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  31.93 
 
 		 250 aa  93.2  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  30.96 
 
 		 250 aa  92.4  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>