More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0142 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  100 
 
 
278 aa  567  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  91.7 
 
 
277 aa  520  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  78.16 
 
 
264 aa  424  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  51.98 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  51.98 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  51 
 
 
282 aa  265  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  51.23 
 
 
320 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  50.6 
 
 
281 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  49.41 
 
 
338 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  49.8 
 
 
285 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  49.8 
 
 
285 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  49.8 
 
 
285 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  50.2 
 
 
273 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  51.17 
 
 
282 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
278 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  38.75 
 
 
261 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  38.91 
 
 
256 aa  155  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  35.29 
 
 
248 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  35.29 
 
 
259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
254 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  34.39 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  38.02 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  31.97 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 
260 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  36.42 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  29.55 
 
 
243 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
261 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  27.9 
 
 
237 aa  87  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
247 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
244 aa  86.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
249 aa  86.3  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  31.9 
 
 
255 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  31.84 
 
 
236 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  31.72 
 
 
251 aa  81.3  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  29.63 
 
 
241 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4384  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
242 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4765  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
242 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  28.46 
 
 
239 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4471  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
242 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.788198 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  33.33 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  33.05 
 
 
243 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  32.19 
 
 
230 aa  79  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.93 
 
 
239 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  32.07 
 
 
239 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  28.39 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  29.63 
 
 
255 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
490 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  31.53 
 
 
267 aa  76.6  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
303 aa  76.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
241 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
251 aa  75.5  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.3 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
223 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.74 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
218 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  33.91 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
255 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  30.58 
 
 
254 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  30.45 
 
 
239 aa  74.7  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  29.8 
 
 
241 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1834  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
223 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  29.06 
 
 
242 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  32.49 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  28.45 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  36.11 
 
 
275 aa  73.2  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  29.6 
 
 
239 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1773  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.851704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  28 
 
 
241 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1630  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
223 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1608  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
223 aa  72  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0385519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1758  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
223 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0256376  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  27.9 
 
 
231 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1808  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 
223 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  32.08 
 
 
229 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  26.61 
 
 
241 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  31.51 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1891  transcriptional regulator, GntR family  25.69 
 
 
223 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0316867  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 
235 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  26.25 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 
219 aa  70.5  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
238 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1632  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.592132  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  31.9 
 
 
243 aa  70.5  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 
215 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3342  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1582  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
223 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  31.72 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
262 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  28.33 
 
 
238 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
229 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 
217 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>