More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0660 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 259 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  98.07 
 
 		 259 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  99.21 
 
 		 254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  58.85 
 
 		 248 aa  292  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  60.74 
 
 		 261 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  46.5 
 
 		 256 aa  215  7e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  46.89 
 
 		 254 aa  198  9e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  41.8 
 
 		 279 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  41.8 
 
 		 279 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  39.02 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  37.3 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 281 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  37.86 
 
 		 338 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  38.21 
 
 		 282 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  38.13 
 
 		 285 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  38.13 
 
 		 285 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  38.13 
 
 		 285 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  36.63 
 
 		 260 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  38.46 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  35.29 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  35.27 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  31.03 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 261 aa  95.9  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 238 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  28.74 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  29.63 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  29.13 
 
 		 229 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  24.89 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  25.96 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  27.31 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  27.6 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  24.89 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  28.9 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  28.99 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  26.75 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  28.57 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  26.69 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  28.51 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  27.94 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  28.33 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.86 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  28.57 
 
 		 241 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  27.16 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  29.06 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  27.94 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0940  GntR domain protein  29.88 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.120535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  27.94 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  27.62 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  27.94 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  27.94 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  27.73 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  27.94 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4197  GntR domain protein  28.07 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.500456  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  27.53 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  27.53 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6102  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  25.44 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  31.64 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  30.77 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  27.53 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  27.19 
 
 		 239 aa  72  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  27.53 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  27.53 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  27.53 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2306  GntR domain protein  30.34 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0386397 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  25.66 
 
 		 268 aa  71.6  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  28.11 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  24.68 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0426  regulatory protein GntR HTH  32.76 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  27.5 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  27.93 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  27.93 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  27.97 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  28.45 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>