More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1580 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  100 
 
 		 261 aa  538  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  60.74 
 
 		 259 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  60.74 
 
 		 259 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 254 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  53.72 
 
 		 248 aa  262  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  48.57 
 
 		 256 aa  228  8e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  49.36 
 
 		 254 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 273 aa  199  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  41.15 
 
 		 279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  41.15 
 
 		 279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 281 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  40.82 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  40.82 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  40.82 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  39.84 
 
 		 282 aa  191  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  40.57 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  40.49 
 
 		 338 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 282 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 278 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  41 
 
 		 260 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  38.75 
 
 		 264 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  35.62 
 
 		 266 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  38.75 
 
 		 278 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  40.72 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  32.9 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 241 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.9 
 
 		 255 aa  92  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  31.63 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 238 aa  89.4  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  28.99 
 
 		 239 aa  89  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 218 aa  89  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 255 aa  89  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  33.7 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  26.64 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  27.98 
 
 		 241 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  27.69 
 
 		 241 aa  85.5  8e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  28.69 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  29.06 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  28.38 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  28.89 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  28.38 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  32.52 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  28.21 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  29.13 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  30.73 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  31.77 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  34.92 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  28.12 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  26.5 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  29.59 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  28.87 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  26.32 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  32.46 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  26.87 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  27.6 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  25.22 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6745  GntR domain-containing protein  30.6 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  31.67 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  24.55 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  27.35 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 252 aa  76.6  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  28.15 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  26.87 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  29.09 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  31.22 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0940  GntR domain protein  29.91 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.120535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  24.55 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.41 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  26.18 
 
 		 241 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  32.04 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  25.54 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  33.51 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  26.22 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 267 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  33.52 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  27.54 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  27.98 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  26.25 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>