More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2188 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  100 
 
 
240 aa  488  1e-137  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  64.41 
 
 
239 aa  285  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  45.38 
 
 
239 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  46.96 
 
 
233 aa  215  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  43.51 
 
 
245 aa  206  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  45.99 
 
 
241 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  44.87 
 
 
238 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  42.15 
 
 
232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 
218 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 
218 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  38.98 
 
 
240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
218 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
218 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
218 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  40.58 
 
 
218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  40.58 
 
 
218 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  40.1 
 
 
215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  37.5 
 
 
241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
241 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  36.48 
 
 
243 aa  139  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  36.87 
 
 
250 aa  135  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  36.03 
 
 
239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  35.44 
 
 
240 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  35.44 
 
 
240 aa  131  9e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  34.84 
 
 
228 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  34.84 
 
 
228 aa  129  6e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  34.44 
 
 
258 aa  128  6e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  33.63 
 
 
235 aa  125  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  34.53 
 
 
235 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  35.94 
 
 
226 aa  124  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  35.35 
 
 
234 aa  123  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  33.33 
 
 
240 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  37.68 
 
 
260 aa  122  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 
258 aa  119  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5854  GntR domain protein  36.36 
 
 
240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.712492  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
249 aa  119  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
255 aa  119  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  35 
 
 
239 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.75 
 
 
238 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  33.48 
 
 
230 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  34.51 
 
 
231 aa  116  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  30.99 
 
 
253 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.07 
 
 
255 aa  115  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
247 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 
264 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  30.99 
 
 
253 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  28.27 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 
238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  32.09 
 
 
226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  35.14 
 
 
245 aa  112  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
255 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
255 aa  111  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  34.69 
 
 
273 aa  111  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  29.92 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.33 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  29.92 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  29.92 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  31.62 
 
 
268 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  30.13 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  31.2 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  30.13 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0774  regulatory protein GntR HTH  35.93 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.33 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  29.07 
 
 
247 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  35.23 
 
 
238 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  29.07 
 
 
247 aa  109  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  29.07 
 
 
247 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 
255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  34.18 
 
 
254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
231 aa  108  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  30.43 
 
 
253 aa  108  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
268 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
251 aa  108  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  35.22 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  29.33 
 
 
233 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 
242 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  29.46 
 
 
253 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.09 
 
 
257 aa  107  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  31.86 
 
 
253 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  32.5 
 
 
239 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
243 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>