More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2418 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 238 aa  480  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  77.78 
 
 		 240 aa  374  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5854  GntR domain protein  77.64 
 
 		 240 aa  360  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.712492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  77.63 
 
 		 238 aa  360  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  77.97 
 
 		 242 aa  358  4e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3551  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  33.48 
 
 		 238 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  32.76 
 
 		 245 aa  108  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.13 
 
 		 241 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  34.91 
 
 		 253 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  35.32 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  35.81 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  33.33 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 253 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 		 218 aa  102  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  34.05 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 258 aa  101  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  35.59 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0503  regulatory protein GntR HTH  27.9 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.290884  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  36.54 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  36.54 
 
 		 238 aa  98.6  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 268 aa  98.6  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 		 215 aa  98.6  8e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  38.22 
 
 		 226 aa  98.2  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 272 aa  98.2  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  34.16 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  29.09 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  34.04 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.3 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  34.04 
 
 		 253 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29.09 
 
 		 240 aa  97.4  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 218 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  33.03 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 248 aa  97.1  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  34.01 
 
 		 264 aa  97.1  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 251 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 		 235 aa  97.1  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 249 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  31.88 
 
 		 230 aa  95.9  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 270 aa  95.9  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 218 aa  95.5  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.63 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 218 aa  95.5  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  31.63 
 
 		 249 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 239 aa  95.1  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9327  putative transcriptional regulator  39.66 
 
 		 229 aa  94.4  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  33.78 
 
 		 247 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  31.71 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  30.36 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 274 aa  94  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  32.85 
 
 		 273 aa  93.2  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.26 
 
 		 257 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.26 
 
 		 257 aa  92.8  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  37.95 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.26 
 
 		 257 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.26 
 
 		 257 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  30.26 
 
 		 257 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  30.26 
 
 		 257 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 254 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  31.16 
 
 		 232 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  34.43 
 
 		 258 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.26 
 
 		 257 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  30.26 
 
 		 257 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.26 
 
 		 257 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  31.16 
 
 		 249 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  31.22 
 
 		 241 aa  92.8  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 240 aa  92.4  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  31.16 
 
 		 249 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  32.86 
 
 		 251 aa  92  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  28.63 
 
 		 240 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  33.82 
 
 		 234 aa  91.7  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  31.34 
 
 		 246 aa  91.7  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  33.8 
 
 		 251 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  30.86 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  31.9 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.76 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  32.86 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  29.69 
 
 		 253 aa  90.1  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.48 
 
 		 268 aa  89.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>