More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2607 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  100 
 
 
234 aa  450  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0272  GntR domain protein  57.14 
 
 
232 aa  203  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.554263 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2015  GntR family transcriptional regulator  57.41 
 
 
235 aa  202  4e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.215087  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  53.42 
 
 
235 aa  201  6e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  54.09 
 
 
235 aa  188  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  38.84 
 
 
233 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  34.68 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  36.53 
 
 
230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  34.08 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  34.1 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  36.92 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  33.95 
 
 
244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  33.49 
 
 
244 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  34.55 
 
 
245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.98 
 
 
241 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 
258 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  35.98 
 
 
233 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  33.96 
 
 
255 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  31.11 
 
 
238 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  34.11 
 
 
233 aa  106  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  35.98 
 
 
249 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  30.94 
 
 
238 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  35.98 
 
 
234 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 
239 aa  105  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  36.02 
 
 
231 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 
245 aa  104  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
232 aa  103  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  32.75 
 
 
258 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  31.31 
 
 
247 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  31.31 
 
 
247 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  30.22 
 
 
228 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  31.31 
 
 
247 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  31.16 
 
 
244 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  30.22 
 
 
228 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
251 aa  98.6  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  30.53 
 
 
252 aa  98.6  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  33.02 
 
 
245 aa  98.2  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  34.27 
 
 
253 aa  97.8  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
227 aa  97.4  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  35.68 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  35.68 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  35.68 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
268 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 
235 aa  95.9  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  35.19 
 
 
223 aa  95.1  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.03 
 
 
257 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  35.03 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  35.03 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  35.03 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
274 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  34.83 
 
 
242 aa  94.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  35.03 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
245 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  36.95 
 
 
254 aa  93.2  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.67 
 
 
257 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.67 
 
 
257 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.67 
 
 
257 aa  93.2  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
215 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.67 
 
 
257 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  35.34 
 
 
268 aa  93.6  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  35.63 
 
 
235 aa  93.2  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.909399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  35.81 
 
 
273 aa  92.8  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
265 aa  92  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.16 
 
 
257 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  33 
 
 
226 aa  91.7  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.16 
 
 
257 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.16 
 
 
257 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.65 
 
 
268 aa  91.7  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
232 aa  91.7  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.16 
 
 
257 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.16 
 
 
257 aa  91.7  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  34.63 
 
 
252 aa  90.9  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  30.84 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  32.34 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
236 aa  90.1  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
255 aa  90.1  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  33.81 
 
 
262 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  33.61 
 
 
253 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 
249 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.03 
 
 
250 aa  90.1  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  33.83 
 
 
215 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  29.46 
 
 
240 aa  89  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  33.04 
 
 
241 aa  89.4  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  30.05 
 
 
269 aa  89  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
270 aa  89  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  34.93 
 
 
249 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
255 aa  88.6  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
251 aa  88.6  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
249 aa  88.6  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  34.55 
 
 
260 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
256 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  32.23 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  29.33 
 
 
215 aa  87.4  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
250 aa  87.8  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
252 aa  87.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  30.4 
 
 
243 aa  87  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>