More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5347 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 242 aa  491  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  74.04 
 
 		 240 aa  351  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  71.86 
 
 		 238 aa  343  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  77.97 
 
 		 238 aa  340  9e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5854  GntR domain protein  73.22 
 
 		 240 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.712492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3551  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.48 
 
 		 255 aa  118  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  37.62 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 233 aa  113  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  34.48 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 251 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  36.15 
 
 		 235 aa  108  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  35.35 
 
 		 273 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 270 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  36.76 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.13 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  35.48 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.13 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  33.33 
 
 		 248 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  35.02 
 
 		 249 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  37 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  35.02 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  35.65 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  36.28 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.54 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0503  regulatory protein GntR HTH  30.88 
 
 		 228 aa  101  8e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.290884  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  34.5 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  33.02 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  33.49 
 
 		 251 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 251 aa  99.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  37.62 
 
 		 262 aa  99  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.04 
 
 		 253 aa  98.6  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.04 
 
 		 238 aa  98.6  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 		 253 aa  98.6  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  34.72 
 
 		 253 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  37.62 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  40 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  33.68 
 
 		 264 aa  97.1  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 268 aa  96.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  35.78 
 
 		 264 aa  96.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.1 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  35.32 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  38.99 
 
 		 252 aa  95.5  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  34.31 
 
 		 272 aa  94.4  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  33.99 
 
 		 230 aa  95.1  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  34.31 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  34.83 
 
 		 234 aa  94.4  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  35.5 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 268 aa  93.6  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 258 aa  93.2  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.17 
 
 		 239 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  30.77 
 
 		 231 aa  93.2  4e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  33.33 
 
 		 233 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 234 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  32.27 
 
 		 241 aa  92.8  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  36.75 
 
 		 234 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  30.84 
 
 		 253 aa  92.8  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 241 aa  92.4  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 247 aa  92.4  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  31.88 
 
 		 239 aa  92.4  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  92  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.51 
 
 		 255 aa  91.7  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  33.5 
 
 		 260 aa  92  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.44 
 
 		 259 aa  90.5  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  33.67 
 
 		 222 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  34.11 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  33.12 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 218 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  32.31 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  32.31 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  33.5 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  31.6 
 
 		 273 aa  90.5  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  36.41 
 
 		 299 aa  90.1  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  33.02 
 
 		 236 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  31.77 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  30.33 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  29.52 
 
 		 218 aa  89.4  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>