More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3740 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  100 
 
 
257 aa  530  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  100 
 
 
257 aa  530  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 
257 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  100 
 
 
257 aa  530  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  99.22 
 
 
257 aa  526  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  99.22 
 
 
257 aa  526  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  99.22 
 
 
257 aa  526  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  98.44 
 
 
257 aa  522  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  98.83 
 
 
257 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  89.49 
 
 
257 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  89.49 
 
 
257 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  89.49 
 
 
257 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  89.49 
 
 
257 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  89.49 
 
 
257 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  54.92 
 
 
244 aa  263  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  54.1 
 
 
244 aa  259  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  51 
 
 
268 aa  258  6e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  51.85 
 
 
247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  51.85 
 
 
247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  51.85 
 
 
247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  50.79 
 
 
258 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  51.43 
 
 
244 aa  242  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  51.45 
 
 
243 aa  241  9e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  46.06 
 
 
252 aa  237  1e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  50.2 
 
 
255 aa  229  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  48.98 
 
 
255 aa  229  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  46.72 
 
 
256 aa  228  9e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  48.57 
 
 
255 aa  224  9e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  47.35 
 
 
257 aa  221  8e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  45.93 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  47.27 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.88 
 
 
259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.62 
 
 
258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.88 
 
 
264 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.88 
 
 
264 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.88 
 
 
264 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.27 
 
 
258 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.48 
 
 
258 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  46.27 
 
 
258 aa  207  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.27 
 
 
258 aa  207  9e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.27 
 
 
258 aa  207  9e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.27 
 
 
258 aa  207  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  46.88 
 
 
258 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.88 
 
 
258 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  46.88 
 
 
258 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.88 
 
 
258 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.67 
 
 
258 aa  206  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.7 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  39.68 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  39.68 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  39.68 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  39.68 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  40.79 
 
 
245 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  40.79 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  36.64 
 
 
260 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
255 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
269 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  35.51 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
250 aa  122  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 
240 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 
240 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
257 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  37.31 
 
 
237 aa  122  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  36.24 
 
 
223 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  34.53 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  35.65 
 
 
244 aa  119  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  34.98 
 
 
235 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  34.32 
 
 
247 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  38.75 
 
 
286 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  36.16 
 
 
233 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  36.91 
 
 
233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  36.91 
 
 
233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  36.91 
 
 
233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 
234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 
249 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  34.87 
 
 
238 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  34.93 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  35.62 
 
 
252 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  34.51 
 
 
246 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  34.8 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.33 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
265 aa  109  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  31.65 
 
 
250 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  33.47 
 
 
258 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  35.96 
 
 
233 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
235 aa  108  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  35.78 
 
 
252 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  36.02 
 
 
253 aa  108  9.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.58 
 
 
255 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  32.23 
 
 
252 aa  106  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
251 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
251 aa  105  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  31.17 
 
 
239 aa  105  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>