More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0020 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
256 aa  525  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  60.58 
 
 
252 aa  300  1e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  54.4 
 
 
258 aa  261  6e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  52.26 
 
 
268 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  48.96 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  48.96 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  48.96 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  48.96 
 
 
244 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  48.96 
 
 
244 aa  241  7.999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  48.35 
 
 
244 aa  238  9e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.41 
 
 
257 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.41 
 
 
257 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.41 
 
 
257 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.41 
 
 
257 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  48.41 
 
 
257 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  45.71 
 
 
255 aa  232  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  50.64 
 
 
255 aa  232  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  47.13 
 
 
257 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  46.56 
 
 
257 aa  229  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  46.72 
 
 
257 aa  228  7e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  46.72 
 
 
257 aa  228  7e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  46.72 
 
 
257 aa  228  7e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  46.72 
 
 
257 aa  228  9e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  46.72 
 
 
257 aa  228  9e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  46.72 
 
 
257 aa  228  9e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  46.72 
 
 
257 aa  228  9e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  47.88 
 
 
243 aa  226  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  44.86 
 
 
255 aa  226  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  46.31 
 
 
257 aa  219  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  43.62 
 
 
255 aa  219  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  49.6 
 
 
258 aa  214  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.6 
 
 
258 aa  214  9e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.6 
 
 
258 aa  214  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.6 
 
 
258 aa  214  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.59 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.19 
 
 
258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  49.19 
 
 
258 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  49.19 
 
 
258 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.19 
 
 
258 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.31 
 
 
258 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.53 
 
 
259 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.61 
 
 
258 aa  206  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.31 
 
 
258 aa  200  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.08 
 
 
258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.53 
 
 
258 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.9 
 
 
264 aa  193  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.9 
 
 
264 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.9 
 
 
264 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  38.33 
 
 
249 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  38.33 
 
 
249 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  38.33 
 
 
249 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  38.33 
 
 
249 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
249 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
250 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  34.91 
 
 
260 aa  144  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 
253 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  38.14 
 
 
245 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
255 aa  139  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  35.5 
 
 
250 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 
245 aa  135  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
240 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
257 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
269 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 
240 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 
240 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
265 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  30.56 
 
 
255 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  30.25 
 
 
239 aa  118  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 
247 aa  118  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  31.67 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  32.77 
 
 
253 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  32.41 
 
 
239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  30.22 
 
 
235 aa  115  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  36.53 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  31.51 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  30.91 
 
 
233 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.64 
 
 
255 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  32.6 
 
 
231 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  31.98 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  31.98 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  31.98 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  31.09 
 
 
253 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
247 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  31.22 
 
 
244 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  31.84 
 
 
234 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  32.81 
 
 
237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  31.84 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  34.09 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  35.59 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  35.59 
 
 
249 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  35.5 
 
 
232 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 
253 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  30.2 
 
 
252 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  34.93 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  34.09 
 
 
237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>