More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_5035 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 
255 aa  507  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 
255 aa  507  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 
255 aa  507  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  94.12 
 
 
251 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  92.94 
 
 
253 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  90.98 
 
 
253 aa  447  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  89.02 
 
 
253 aa  421  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  57.48 
 
 
252 aa  274  9e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
251 aa  256  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0881  GntR domain protein  57.14 
 
 
244 aa  244  8e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
255 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  39.06 
 
 
244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  37.65 
 
 
253 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  36.4 
 
 
231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  35.83 
 
 
247 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  35.83 
 
 
247 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  35.83 
 
 
247 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  35.77 
 
 
240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
233 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  33.75 
 
 
244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  32.39 
 
 
239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  34.69 
 
 
247 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  32.92 
 
 
239 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  35 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
240 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
269 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  33.74 
 
 
245 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  33.74 
 
 
255 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  34.02 
 
 
255 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
250 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  32.64 
 
 
258 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.02 
 
 
241 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  37.6 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  33.19 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  38.68 
 
 
247 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  34.89 
 
 
223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.89 
 
 
235 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  37.61 
 
 
237 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  35.42 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  32.92 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  32.95 
 
 
245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
256 aa  115  5e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30.33 
 
 
240 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  31.89 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  31.28 
 
 
255 aa  115  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  31.89 
 
 
223 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  32.78 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  32.14 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  31.89 
 
 
223 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  31.89 
 
 
223 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  31.89 
 
 
223 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  37.5 
 
 
250 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.41 
 
 
258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
257 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.01 
 
 
258 aa  112  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
230 aa  112  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.13 
 
 
258 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.2 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.2 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.2 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.53 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  34.01 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.9 
 
 
234 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.28 
 
 
258 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.67 
 
 
258 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.9 
 
 
249 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  33.2 
 
 
260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01468  putative regulatory protein, GntR family  34.15 
 
 
243 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  36.1 
 
 
252 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  33.47 
 
 
233 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  38.18 
 
 
252 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  33.6 
 
 
240 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  33.6 
 
 
240 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.23 
 
 
238 aa  106  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  33.61 
 
 
257 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  33.61 
 
 
257 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  33.61 
 
 
257 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 
257 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 
257 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 
257 aa  105  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 
257 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 
257 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.61 
 
 
257 aa  105  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
241 aa  105  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
257 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
235 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.252683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  32.28 
 
 
258 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.28 
 
 
258 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  29.37 
 
 
240 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  32.28 
 
 
258 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  32.28 
 
 
258 aa  102  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34 
 
 
235 aa  102  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.28 
 
 
258 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.28 
 
 
258 aa  102  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  32.1 
 
 
239 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.28 
 
 
258 aa  102  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.652539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>