More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3283 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
237 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  97.47 
 
 
237 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  69.16 
 
 
232 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  69.03 
 
 
233 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  68.58 
 
 
259 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  68.67 
 
 
237 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  68.58 
 
 
233 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  54.66 
 
 
249 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  54.66 
 
 
249 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  52.38 
 
 
273 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 
251 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  74.83 
 
 
143 aa  218  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  52.59 
 
 
270 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  50.21 
 
 
249 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  52.65 
 
 
274 aa  214  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  50.21 
 
 
254 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  50.21 
 
 
249 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  50.21 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  50 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  50 
 
 
249 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  50 
 
 
249 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  50 
 
 
249 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
253 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  49.13 
 
 
253 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  49.13 
 
 
253 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  50.66 
 
 
248 aa  204  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  52.97 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  47.7 
 
 
268 aa  195  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  48.55 
 
 
247 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  48.47 
 
 
253 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  48.73 
 
 
272 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  49.11 
 
 
272 aa  192  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  48.66 
 
 
268 aa  190  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  48.05 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  45.73 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  48.05 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  47.81 
 
 
262 aa  187  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  46.46 
 
 
273 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  52.34 
 
 
244 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  41.99 
 
 
244 aa  175  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  42.49 
 
 
248 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  45.78 
 
 
236 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  42.26 
 
 
251 aa  165  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  42.68 
 
 
251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  44.59 
 
 
242 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  40.79 
 
 
238 aa  148  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.08 
 
 
246 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 
249 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  44.4 
 
 
260 aa  138  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  40.27 
 
 
242 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
230 aa  136  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  39.13 
 
 
299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  37.9 
 
 
242 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.18 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  40.97 
 
 
234 aa  132  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  39.46 
 
 
284 aa  131  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  37.78 
 
 
243 aa  131  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
245 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  40.36 
 
 
240 aa  125  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  35.34 
 
 
246 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  34.06 
 
 
248 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  36.89 
 
 
236 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  36.89 
 
 
236 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
246 aa  122  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
246 aa  122  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  39.06 
 
 
240 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  35.32 
 
 
266 aa  121  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  37.04 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  32.3 
 
 
229 aa  119  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.07 
 
 
235 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  34.38 
 
 
250 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
252 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 
229 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  40.09 
 
 
233 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  39.65 
 
 
249 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
256 aa  109  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  36.56 
 
 
242 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.68 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.76 
 
 
238 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.76 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  37.91 
 
 
234 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
274 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.33 
 
 
252 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  36.95 
 
 
235 aa  105  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
288 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  36.59 
 
 
241 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  32.02 
 
 
243 aa  104  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  34.22 
 
 
238 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  35.68 
 
 
234 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
234 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
251 aa  101  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1596  GntR domain-containing protein  34.51 
 
 
236 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387143  hitchhiker  0.00000232868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  35.71 
 
 
234 aa  100  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  33.17 
 
 
238 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  33.33 
 
 
233 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  34.08 
 
 
234 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  31.96 
 
 
233 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>