More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3305 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  83 
 
 		 249 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  83 
 
 		 249 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  79.03 
 
 		 274 aa  394  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  72.98 
 
 		 254 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  73.39 
 
 		 249 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  72.98 
 
 		 249 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  71.89 
 
 		 249 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  76.42 
 
 		 252 aa  350  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  64.98 
 
 		 253 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  63.71 
 
 		 253 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  63.29 
 
 		 253 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  63.29 
 
 		 253 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  64.19 
 
 		 249 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  64.19 
 
 		 249 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  64.19 
 
 		 249 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  59.92 
 
 		 270 aa  277  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  62.17 
 
 		 273 aa  275  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  55.7 
 
 		 244 aa  274  8e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  60 
 
 		 272 aa  273  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  59.39 
 
 		 268 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 272 aa  268  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 247 aa  258  9e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  52.72 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 268 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  53.36 
 
 		 253 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  53.59 
 
 		 247 aa  249  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  56.89 
 
 		 248 aa  246  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  55.46 
 
 		 262 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  55.04 
 
 		 273 aa  241  7e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  53.22 
 
 		 251 aa  236  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  53.39 
 
 		 251 aa  234  7e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  57.32 
 
 		 244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  52.17 
 
 		 255 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  52.4 
 
 		 237 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  51.68 
 
 		 237 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  49.57 
 
 		 236 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  50.42 
 
 		 232 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 237 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  51.07 
 
 		 233 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  51.07 
 
 		 233 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 259 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  46.18 
 
 		 260 aa  178  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  48.68 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  46.52 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  37.28 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.34 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  43.61 
 
 		 249 aa  154  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  41.05 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  44 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  39.08 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  39.56 
 
 		 250 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 255 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  41.78 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  38.1 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 234 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  40 
 
 		 242 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  38.33 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  40.95 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 288 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  40.44 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  39.56 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  38.63 
 
 		 238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  38.63 
 
 		 253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 252 aa  128  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.77 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  37.89 
 
 		 264 aa  125  9e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  37.93 
 
 		 229 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  37.55 
 
 		 264 aa  122  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 		 235 aa  121  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  36.09 
 
 		 229 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.5 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  50.72 
 
 		 143 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.92 
 
 		 233 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  36.82 
 
 		 233 aa  118  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  37.22 
 
 		 239 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 239 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 258 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  35.12 
 
 		 218 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 218 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 218 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 218 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  35.61 
 
 		 218 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 218 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  38.43 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>