More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4759 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  99.14 
 
 		 233 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  98.28 
 
 		 233 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  90.48 
 
 		 232 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  68.58 
 
 		 237 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  68.14 
 
 		 237 aa  315  5e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  68.89 
 
 		 237 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  50.21 
 
 		 249 aa  208  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  50.43 
 
 		 249 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 251 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  49.35 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  49.35 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  49.35 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 253 aa  204  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 270 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 274 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  48.48 
 
 		 253 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  48.48 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  48.48 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  49.78 
 
 		 273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  50.44 
 
 		 253 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  48.47 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  48.03 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 254 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  48.03 
 
 		 249 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  48.89 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 247 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  67.38 
 
 		 143 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  47.6 
 
 		 272 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  45.98 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  51.09 
 
 		 252 aa  181  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 248 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  48.47 
 
 		 262 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  47.27 
 
 		 273 aa  175  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 268 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  45.41 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  44.55 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  46.85 
 
 		 248 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  41.92 
 
 		 251 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  41.52 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  48.9 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  45.06 
 
 		 260 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  41.89 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  39.45 
 
 		 249 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  40.09 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  39.27 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  38.57 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  43.84 
 
 		 242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  37.07 
 
 		 238 aa  128  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  38.01 
 
 		 246 aa  128  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  39.01 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  35.06 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.33 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  41.26 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  40.28 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  40.28 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  41.1 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 240 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 255 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 251 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  38.36 
 
 		 233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  36.51 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  39.21 
 
 		 236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 234 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  38.36 
 
 		 234 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  39.37 
 
 		 240 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  35.27 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  36.97 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  38.53 
 
 		 236 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  40.85 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  32.29 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  32.41 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.73 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  33.02 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  38.64 
 
 		 234 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  35.19 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 256 aa  104  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  31.94 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 246 aa  102  9e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 246 aa  102  9e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.73 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  35.27 
 
 		 275 aa  99.8  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.73 
 
 		 238 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  36.87 
 
 		 253 aa  99  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 233 aa  99  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.65 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  38.86 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 		 249 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>