More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3981 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 233 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  52.75 
 
 		 250 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  52.4 
 
 		 254 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  51.97 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  55.11 
 
 		 252 aa  222  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  51.56 
 
 		 250 aa  221  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  46.7 
 
 		 239 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 239 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  53.21 
 
 		 274 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  40 
 
 		 229 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  40.45 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  38.36 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  37.72 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  37.72 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  37.72 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  37.72 
 
 		 253 aa  121  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  35.06 
 
 		 244 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  36.48 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  37.83 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  36 
 
 		 273 aa  118  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 253 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 253 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  36.12 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  36.77 
 
 		 272 aa  116  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 268 aa  116  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  37.44 
 
 		 249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  35.62 
 
 		 262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.53 
 
 		 241 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 249 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  37.74 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 254 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  36.92 
 
 		 249 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  36.92 
 
 		 249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  38.65 
 
 		 232 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  35.32 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  35.75 
 
 		 240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  35.61 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 		 248 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  38.39 
 
 		 237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.94 
 
 		 255 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 251 aa  109  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 234 aa  108  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  35.12 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  38.14 
 
 		 256 aa  107  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.74 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 252 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  39.56 
 
 		 252 aa  105  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  32.74 
 
 		 251 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  32.58 
 
 		 251 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  36.65 
 
 		 238 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  35.16 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  38.07 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  35.71 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  35.27 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  32.26 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  33.78 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  38.1 
 
 		 234 aa  101  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  34.39 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  38.68 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  35.44 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  31.14 
 
 		 258 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  33.92 
 
 		 236 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.26 
 
 		 240 aa  98.2  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.03 
 
 		 245 aa  98.2  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  35.71 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  33.33 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 230 aa  95.9  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1596  GntR domain-containing protein  35.59 
 
 		 236 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387143  hitchhiker  0.00000232868 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  33.18 
 
 		 248 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>