More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3254 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 244 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  73.28 
 
 		 248 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 251 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  57.02 
 
 		 249 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  57.02 
 
 		 249 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 274 aa  264  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  53.95 
 
 		 249 aa  249  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  54.67 
 
 		 249 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 254 aa  248  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  54.67 
 
 		 249 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  54.35 
 
 		 252 aa  234  8e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 253 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  51.08 
 
 		 249 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  51.08 
 
 		 249 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  51.08 
 
 		 249 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  49.78 
 
 		 253 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 270 aa  224  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  49.35 
 
 		 253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  49.35 
 
 		 253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 268 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  50.66 
 
 		 272 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  50.44 
 
 		 268 aa  215  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  51.09 
 
 		 273 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  48.44 
 
 		 273 aa  205  5e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  46.55 
 
 		 253 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  47.39 
 
 		 262 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  49.57 
 
 		 247 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 247 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 272 aa  197  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  44.21 
 
 		 247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  43.88 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  46.43 
 
 		 255 aa  187  9e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  44.84 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  45.42 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  46.96 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  41.99 
 
 		 237 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  41.99 
 
 		 237 aa  175  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  42.17 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 237 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 259 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  45.41 
 
 		 233 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  45.41 
 
 		 233 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.02 
 
 		 246 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.33 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  37.35 
 
 		 260 aa  143  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  40.26 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  38.63 
 
 		 249 aa  141  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  36.65 
 
 		 246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  40.26 
 
 		 299 aa  135  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  37.83 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  40.79 
 
 		 234 aa  130  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  37.61 
 
 		 242 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  36.96 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  37.02 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  35.48 
 
 		 250 aa  125  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  35.39 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 247 aa  121  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  37.71 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  35.06 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  35.2 
 
 		 254 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  35.71 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  35.27 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.48 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  32.19 
 
 		 238 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  34.19 
 
 		 254 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 238 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  35.37 
 
 		 241 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  32.78 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.78 
 
 		 252 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  34.39 
 
 		 236 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  35.68 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  35.68 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  35.93 
 
 		 235 aa  105  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  33.76 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  32.92 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  31.72 
 
 		 241 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  32.55 
 
 		 229 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  37.19 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  34.13 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  37.83 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  33.77 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 218 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 218 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  30.52 
 
 		 235 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.43 
 
 		 256 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.43 
 
 		 256 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>