More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7351 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 284 aa  574  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  71.9 
 
 		 242 aa  345  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  69.83 
 
 		 242 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  57.81 
 
 		 299 aa  255  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 255 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  43.75 
 
 		 249 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  44.87 
 
 		 250 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  40.95 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  36.48 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 240 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  39.46 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  39.57 
 
 		 236 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  39.46 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  39.74 
 
 		 236 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 270 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.89 
 
 		 248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 251 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  38.12 
 
 		 262 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 251 aa  125  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 247 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  37.55 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  35.39 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  36.29 
 
 		 273 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 268 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  35.71 
 
 		 272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  37.33 
 
 		 249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  38.49 
 
 		 253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  38.16 
 
 		 249 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  37.44 
 
 		 249 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  37.44 
 
 		 249 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  37.44 
 
 		 249 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.11 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  37.44 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  37.32 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  38.5 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 253 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  38.57 
 
 		 243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 247 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  38.94 
 
 		 251 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  39.73 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  38.77 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.41 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  37 
 
 		 253 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  37 
 
 		 253 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  37.24 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  37.24 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  37.24 
 
 		 249 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  38.89 
 
 		 242 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  38.29 
 
 		 234 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 247 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  35.37 
 
 		 248 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 234 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  31 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 259 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  34.76 
 
 		 225 aa  102  7e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  41.1 
 
 		 233 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  41.1 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 230 aa  99.8  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  36.15 
 
 		 235 aa  99  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 249 aa  99  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  36.94 
 
 		 253 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  36.94 
 
 		 238 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.74 
 
 		 233 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  39.04 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.11 
 
 		 241 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  32.91 
 
 		 254 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.86 
 
 		 235 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  31.67 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  31.67 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  39.38 
 
 		 238 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  31.67 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.67 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  34.74 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  37.19 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  36.49 
 
 		 230 aa  94  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  32 
 
 		 247 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  32 
 
 		 247 aa  93.6  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  32 
 
 		 247 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  32.61 
 
 		 254 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.67 
 
 		 257 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.67 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.67 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.67 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  35.47 
 
 		 258 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 218 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 218 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 218 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>