More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3643 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  71.98 
 
 		 259 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 279 aa  185  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  41.13 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  41 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  36.63 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 254 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  36.21 
 
 		 259 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  36.8 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  37.24 
 
 		 338 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  34.76 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  34.76 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  33.48 
 
 		 279 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  33.48 
 
 		 279 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  34.76 
 
 		 285 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  37.5 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  32.9 
 
 		 320 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  33.76 
 
 		 256 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  36.16 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  37.05 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  33.9 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  32.27 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  29.82 
 
 		 240 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.23 
 
 		 243 aa  95.5  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  27.59 
 
 		 267 aa  92  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 246 aa  89.4  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  29.64 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  28.22 
 
 		 259 aa  86.3  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  28.38 
 
 		 241 aa  85.9  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.24 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.88 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  26.38 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  36.31 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  29.69 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  32.54 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  27.07 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.19 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.07 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  29.95 
 
 		 272 aa  78.6  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  29.91 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  27.23 
 
 		 241 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  29.54 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  28.39 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  31.69 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0426  regulatory protein GntR HTH  33.49 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  29.39 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  29.87 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  29.53 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  30.8 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  28.94 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  27.31 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  31.12 
 
 		 261 aa  72  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  32.31 
 
 		 239 aa  72  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  32.97 
 
 		 253 aa  71.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 261 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  29.28 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.31 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  34.21 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  31.6 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  32.56 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  28.76 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  29.87 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  27.35 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2500  GntR domain protein  28.63 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 490 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  27.85 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  28.86 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.19 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  27.35 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  24.45 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  27.39 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  27.66 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>