More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4780 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 259 aa  510  1e-144  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  35.68 
 
 		 265 aa  139  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  39.56 
 
 		 263 aa  139  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  39.06 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  39.38 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2288  regulatory protein GntR HTH  39.91 
 
 		 277 aa  132  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00127376  normal  0.752795 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 261 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  36.99 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  37.9 
 
 		 257 aa  122  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1917  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 317 aa  120  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3218  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 340 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  37.56 
 
 		 275 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  31.36 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  30.93 
 
 		 241 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6851  regulatory protein GntR HTH  33.92 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.25835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 247 aa  95.1  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 279 aa  92  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  31.28 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 253 aa  87  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  28.22 
 
 		 260 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  33.93 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  30.46 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  28 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  29.36 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  28.81 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1541  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  38.69 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  31.03 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  27.68 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  30.88 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  33.79 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.45 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  34.57 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.18 
 
 		 227 aa  71.6  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2591  GntR domain protein  35.56 
 
 		 501 aa  71.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00937291  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3597  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.010454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.33 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  27.68 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  31.9 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  30.86 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 246 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0375  GntR domain protein  32.47 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.400874  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  31.95 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  30.94 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 490 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4707  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  29.94 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 256 aa  67  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.38 
 
 		 235 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1410  GntR domain protein  34.1 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.531658 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  25.33 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  36.13 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  28.38 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  28.38 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  30 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  32.53 
 
 		 248 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  24.89 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  39.62 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  30.59 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  39.62 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  31.41 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  39.62 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  29.09 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  30.11 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0889  regulatory protein GntR, HTH  44 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2520  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>