170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1541 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1541  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  464  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  33.99 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  31.74 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0889  regulatory protein GntR, HTH  32.52 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  37.93 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  37.72 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2288  regulatory protein GntR HTH  37.72 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00127376  normal  0.752795 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  38.1 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  32.14 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6851  regulatory protein GntR HTH  38.14 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.25835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  38.05 
 
 		 257 aa  65.1  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  41.23 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3218  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1917  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  35.34 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 490 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.85 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  32.18 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  34.82 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 337 aa  57  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  28.77 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  31 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.32 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  34.51 
 
 		 251 aa  55.1  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  25.52 
 
 		 240 aa  54.3  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.05 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.57 
 
 		 258 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.05 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.05 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 241 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 253 aa  53.1  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  28.24 
 
 		 232 aa  52.8  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 275 aa  52.4  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.33 
 
 		 254 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2591  GntR domain protein  32.31 
 
 		 501 aa  52  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00937291  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3843  GntR domain protein  28.36 
 
 		 254 aa  52  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.33 
 
 		 263 aa  52  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.44 
 
 		 251 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.02 
 
 		 258 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  36.96 
 
 		 272 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.02 
 
 		 258 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.02 
 
 		 258 aa  51.2  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  33.01 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  31.82 
 
 		 269 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.2 
 
 		 259 aa  49.7  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.31 
 
 		 255 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  28.43 
 
 		 268 aa  49.7  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.52 
 
 		 251 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.29 
 
 		 259 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4061  regulatory protein GntR, HTH  30.73 
 
 		 242 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 226 aa  48.9  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 255 aa  48.5  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 238 aa  48.5  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  27.15 
 
 		 226 aa  48.5  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  31.34 
 
 		 225 aa  48.5  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  25 
 
 		 241 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  30 
 
 		 255 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.5 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1761  GntR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.86506  normal  0.0126946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 256 aa  47  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1733  regulatory protein GntR HTH  32.06 
 
 		 249 aa  47.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.8 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2282  regulatory protein GntR, HTH  30.85 
 
 		 282 aa  47  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.52 
 
 		 254 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.8 
 
 		 256 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  28.81 
 
 		 235 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  32.03 
 
 		 267 aa  47.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 255 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1632  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 232 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.367647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.06 
 
 		 257 aa  47  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1621  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00823964  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.86 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 233 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  24 
 
 		 229 aa  45.8  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  34.62 
 
 		 230 aa  45.8  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.63 
 
 		 255 aa  45.8  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  32.35 
 
 		 243 aa  45.8  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 232 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2203  GntR domain protein  43.75 
 
 		 261 aa  45.4  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0471303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>