More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2979 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
302 aa  589  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
246 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2288  regulatory protein GntR HTH  45.05 
 
 
277 aa  189  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00127376  normal  0.752795 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1917  GntR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
317 aa  189  5.999999999999999e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  43.92 
 
 
258 aa  188  9e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3218  GntR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
340 aa  188  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  47.86 
 
 
281 aa  185  9e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  43.06 
 
 
263 aa  179  7e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
261 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
261 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
261 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  45.49 
 
 
263 aa  169  6e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  38.46 
 
 
265 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
261 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  38.62 
 
 
259 aa  143  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  39.33 
 
 
257 aa  133  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  36.82 
 
 
258 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  37.77 
 
 
241 aa  120  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  37.4 
 
 
275 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  32.5 
 
 
268 aa  92  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
247 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  32 
 
 
226 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6851  regulatory protein GntR HTH  40.34 
 
 
271 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.25835  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
238 aa  86.7  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  33.53 
 
 
279 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
238 aa  83.6  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  29.55 
 
 
243 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
233 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.18 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  35.2 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  33.76 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.73 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  31.25 
 
 
256 aa  79  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  31.46 
 
 
235 aa  79  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  33.96 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  34.5 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  28.38 
 
 
241 aa  77  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  31.43 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  31.33 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  34.1 
 
 
272 aa  75.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  33.15 
 
 
231 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
267 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
256 aa  75.1  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3432  GntR domain protein  29.07 
 
 
252 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  35.52 
 
 
245 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  30.95 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  32.14 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  35.23 
 
 
251 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.46 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1541  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
256 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  35.56 
 
 
233 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
490 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  29.96 
 
 
249 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  33.76 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  30.49 
 
 
238 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  32.32 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  27 
 
 
222 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  31.95 
 
 
254 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  35.5 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  40.13 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  30.37 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  29.44 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  30.37 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  30.37 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.22 
 
 
255 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  30.23 
 
 
239 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  30.49 
 
 
239 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  32 
 
 
226 aa  72  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  29.91 
 
 
251 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2520  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
238 aa  71.6  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  34.64 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  28.49 
 
 
233 aa  70.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  34.07 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  32.37 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3843  GntR domain protein  35.76 
 
 
254 aa  70.5  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  33.9 
 
 
249 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  31.21 
 
 
249 aa  69.3  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 
226 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
222 aa  69.3  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  33.91 
 
 
242 aa  69.3  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
251 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  37.14 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
236 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0365  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
243 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
254 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>