More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2288 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2288  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 277 aa  540  9.999999999999999e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00127376  normal  0.752795 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  92.24 
 
 		 281 aa  320  1.9999999999999998e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1917  GntR family transcriptional regulator  57.28 
 
 		 317 aa  259  3e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00000235972  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3218  GntR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 340 aa  258  9e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00133147  normal  0.894655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  49.05 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  45.73 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0868  regulatory protein GntR, HTH  42.54 
 
 		 258 aa  172  5e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 261 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 261 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 261 aa  172  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  42.74 
 
 		 263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  41.67 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  40.34 
 
 		 259 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4617  GntR domain protein  35.5 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1986  regulatory protein GntR, HTH  35.23 
 
 		 258 aa  112  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  32.31 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  33.33 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  28.57 
 
 		 241 aa  92.8  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 241 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  34.29 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.44 
 
 		 243 aa  85.9  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  28.97 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  26.85 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6851  regulatory protein GntR HTH  47.66 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.25835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  29.3 
 
 		 239 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  28.04 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13077  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 490 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.207808  normal  0.861389 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  37.96 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  37.96 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  26.85 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  26.72 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  26.72 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  26.72 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  32.66 
 
 		 242 aa  72  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 278 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  33.73 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  24.66 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  32.1 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  29.5 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  27.44 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  29.76 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  38.02 
 
 		 238 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2591  GntR domain protein  27.47 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00937291  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  27.68 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  25.12 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  29.77 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  27.68 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  27.68 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  29.74 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  27.68 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  27.68 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  27.48 
 
 		 263 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  27.41 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  26.58 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  27.48 
 
 		 260 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  27.48 
 
 		 263 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  31.98 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  28.71 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  26.02 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  29.3 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  26.49 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  29.05 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  29.44 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  26.39 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  28.93 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  28.81 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  30.28 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  28.81 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  28.81 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  27.64 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  35.43 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>