More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3347 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 255 aa  513  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  53.47 
 
 		 251 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  47.22 
 
 		 242 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 243 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  40.87 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 267 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  31.56 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 257 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  35 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  36.26 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  31.56 
 
 		 261 aa  95.5  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  33.33 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  38.37 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  31.62 
 
 		 250 aa  92.8  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  32.91 
 
 		 250 aa  92.4  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  36.28 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  32.05 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  33.19 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  32.05 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  29.37 
 
 		 255 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.73 
 
 		 255 aa  89.7  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  32.05 
 
 		 250 aa  89.4  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  27.27 
 
 		 267 aa  89.4  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  29.64 
 
 		 255 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  32.14 
 
 		 242 aa  89  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  29.8 
 
 		 255 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 219 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  30.53 
 
 		 258 aa  87.8  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 218 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  31.49 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  32.37 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  29.15 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  32.37 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  32.48 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  31.2 
 
 		 250 aa  86.7  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  31.9 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 241 aa  85.5  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 247 aa  85.5  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.33 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  32.37 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  30.05 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  30.81 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3342  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  31.05 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  32.21 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  37.89 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 248 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.14 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  32.39 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  26.96 
 
 		 235 aa  81.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  31.22 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  37.35 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2979  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0803123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  32.42 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  33.79 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  32.42 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.7 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  32.42 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  32.13 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  31.36 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  29.46 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4358  regulatory protein GntR, HTH  33.94 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.557304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  30.81 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  29.33 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  31.42 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 241 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  33.8 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  27.57 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>