More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4603 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4603  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000349921  normal  0.014071 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  82.71 
 
 		 279 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  82.71 
 
 		 279 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  67.03 
 
 		 281 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  67.68 
 
 		 282 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  66.42 
 
 		 285 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  66.42 
 
 		 285 aa  362  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  66.05 
 
 		 285 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  65.25 
 
 		 320 aa  358  7e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  64.34 
 
 		 338 aa  348  7e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  63.89 
 
 		 273 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  51.94 
 
 		 278 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  50.6 
 
 		 277 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3813  GntR family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 282 aa  258  9e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4268  GntR domain-containing protein  49.8 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000808968  hitchhiker  0.000533508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  39.29 
 
 		 261 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  39.43 
 
 		 259 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 254 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  38.62 
 
 		 259 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  36.9 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0763  GntR domain-containing protein  41.37 
 
 		 254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  41.03 
 
 		 256 aa  169  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  32.11 
 
 		 266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3643  GntR domain-containing protein  31.78 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  34.21 
 
 		 259 aa  135  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  29.54 
 
 		 243 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 218 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.54 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  29.91 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  27.54 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  28.71 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  29.96 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  26.07 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  29.52 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3206  regulatory protein GntR, HTH  30.4 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  28.63 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2203  GntR domain protein  31.02 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0471303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  32.41 
 
 		 275 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  27.19 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.69 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 249 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  26.92 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  28.46 
 
 		 234 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  26.2 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 246 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  30.34 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  30.04 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  26.42 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.03 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  26.78 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  28.07 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  28.29 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  32.96 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.03 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.03 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  29.46 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  27.43 
 
 		 215 aa  72  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 238 aa  72  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  29.44 
 
 		 255 aa  72  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  28.33 
 
 		 235 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 255 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.89 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  27.71 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  26.64 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  31.11 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1778  GntR domain-containing protein  31.61 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.393282  normal  0.0406668 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.7 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.45 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6745  GntR domain-containing protein  30.21 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  27.07 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  28.05 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  32.56 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  25 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  27.95 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  27.39 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1686  regulatory protein GntR HTH  41.82 
 
 		 281 aa  68.9  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00156623  normal  0.250936 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>