More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3695 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 241 aa  498  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  64.81 
 
 		 239 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  62.71 
 
 		 241 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  60.34 
 
 		 242 aa  300  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 241 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4146  GntR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 238 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.994574  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 267 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  30.6 
 
 		 254 aa  99.4  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 261 aa  99  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  30.77 
 
 		 243 aa  98.6  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 218 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  32.02 
 
 		 240 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 241 aa  92.4  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 261 aa  92.4  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 238 aa  92  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2306  GntR domain protein  27.39 
 
 		 247 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0386397 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  31.14 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 253 aa  91.3  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  32.17 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  29.02 
 
 		 320 aa  88.6  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  29.69 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.48 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  27.75 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 249 aa  87  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.51 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  29.54 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 247 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  26.22 
 
 		 266 aa  87  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  38.46 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 233 aa  87  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 303 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.59 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 268 aa  85.9  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1676  regulatory protein GntR HTH  31.98 
 
 		 275 aa  85.9  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.344673 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  38.46 
 
 		 240 aa  85.9  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  30.45 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  30.45 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 243 aa  85.1  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  30.45 
 
 		 247 aa  85.1  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  32.04 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.55 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  26.87 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  32.17 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.71 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.6 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.22 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1674  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30.73 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  31.31 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2961  GntR domain-containing protein  30.85 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 279 aa  82  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  27.85 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1631  GntR domain protein  32.21 
 
 		 267 aa  81.6  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  30.32 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  27.31 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  30.74 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  30 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  30.8 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  29.76 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  28.63 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  28.63 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  33.15 
 
 		 264 aa  79.7  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  26.27 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  29.02 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  33.13 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  37.98 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.27 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1580  GntR domain protein  34.92 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4265  GntR domain-containing protein  27.35 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.630404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>