More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4146 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4146  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  487  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.994574  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  44.3 
 
 		 241 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  41.18 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  41.85 
 
 		 241 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  38.77 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 241 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  35.38 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  29.74 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  40 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  29.18 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  32.14 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  29.61 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  26.54 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 267 aa  72.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 238 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  27.75 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  27.75 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  27.75 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  29.74 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  29.36 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  29.74 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  29.74 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  29.74 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  29.18 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  29.87 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  35.88 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  27.12 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  35.88 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  35.88 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  35.88 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  36.61 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  32.82 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  32.82 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  32.82 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  32.82 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  26.44 
 
 		 244 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  29.95 
 
 		 248 aa  67  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  32.72 
 
 		 255 aa  67  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  32.65 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  28.57 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 246 aa  65.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  26.44 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  35.11 
 
 		 254 aa  65.1  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 255 aa  65.1  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  34.58 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  44 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  25.73 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  32.82 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4590  GntR domain-containing protein  30.5 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.845166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2114  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.78102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  36.64 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  31.13 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  32.16 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  32.9 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4311  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.173639  normal  0.524632 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  45.21 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4081  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  44.59 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4157  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  33.59 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  35.51 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.57 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  43.24 
 
 		 255 aa  62  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  33.59 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2821  regulatory protein GntR HTH  41.79 
 
 		 252 aa  61.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  33.59 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  34.71 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0294  GntR domain-containing protein  31.88 
 
 		 236 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  33.59 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  24.53 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  27.65 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.65 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3213  regulatory protein GntR HTH  38.2 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>