More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0969 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
216 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  97.22 
 
 
216 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  95.37 
 
 
216 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  88.89 
 
 
216 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  66.67 
 
 
219 aa  294  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  52.15 
 
 
215 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  52.63 
 
 
215 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6865  GntR family transcriptional regulator  43.13 
 
 
235 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  42.38 
 
 
226 aa  143  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1365  GntR domain-containing protein  42.06 
 
 
224 aa  141  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  40.29 
 
 
252 aa  135  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  39.72 
 
 
226 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  37.61 
 
 
229 aa  131  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  41.87 
 
 
230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1162  GntR domain protein  38.1 
 
 
231 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10075  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  44.12 
 
 
235 aa  124  8.000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.909399 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
225 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  33.01 
 
 
226 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09790  transcriptional regulator  38.61 
 
 
241 aa  122  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0176841  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0328  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
221 aa  122  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.661086 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
337 aa  121  9e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1794  GntR domain protein  38.58 
 
 
224 aa  121  9e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126744  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 
226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  34.13 
 
 
225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  37.8 
 
 
222 aa  118  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  38.28 
 
 
223 aa  118  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9327  putative transcriptional regulator  41.76 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  33.17 
 
 
225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0339  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
221 aa  114  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0349  GntR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
221 aa  114  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.495612 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  36.57 
 
 
225 aa  114  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  37.68 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  32.87 
 
 
225 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0903  GntR domain protein  40.8 
 
 
224 aa  111  7.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.614609  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  35.48 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1422  regulatory protein GntR HTH  39.43 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  35.45 
 
 
231 aa  109  3e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1602  GntR domain protein  31.55 
 
 
222 aa  108  8.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
226 aa  107  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  34.38 
 
 
230 aa  105  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  36.27 
 
 
226 aa  104  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
222 aa  104  8e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.41 
 
 
240 aa  102  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.33 
 
 
239 aa  102  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
247 aa  101  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  30.84 
 
 
218 aa  101  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  35.68 
 
 
231 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  38 
 
 
226 aa  100  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  31.75 
 
 
222 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4529  GntR domain-containing protein  41.06 
 
 
224 aa  100  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172628 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  35.03 
 
 
235 aa  99  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1051  GntR domain protein  34.8 
 
 
217 aa  96.3  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.802892 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  30.77 
 
 
230 aa  96.3  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  36.32 
 
 
226 aa  94.7  9e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
249 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  30.58 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  36.27 
 
 
243 aa  92.4  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.19 
 
 
245 aa  92  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  30.58 
 
 
228 aa  92  7e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
238 aa  91.3  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  32.2 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  35.03 
 
 
239 aa  90.1  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  32.2 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4108  GntR domain-containing protein  41 
 
 
227 aa  90.5  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555011  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  32.2 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.31 
 
 
240 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0711  GntR domain protein  35.56 
 
 
234 aa  89.4  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.103859  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
233 aa  89.4  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  33.85 
 
 
249 aa  89  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  33.97 
 
 
225 aa  88.6  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.49 
 
 
229 aa  88.6  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.5 
 
 
250 aa  88.2  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  36.49 
 
 
242 aa  87.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
255 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 
262 aa  87.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.6 
 
 
264 aa  87  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  31.43 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
224 aa  86.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  30.23 
 
 
250 aa  86.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  27.11 
 
 
249 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  27.11 
 
 
249 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  27.11 
 
 
249 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  27.11 
 
 
249 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.58 
 
 
241 aa  85.9  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
268 aa  85.5  6e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.35 
 
 
238 aa  85.5  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.41 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.41 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.41 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.44 
 
 
258 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  30.95 
 
 
251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>