171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0339 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  424  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  76.67 
 
 		 210 aa  321  6e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  76.92 
 
 		 224 aa  318  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  75.48 
 
 		 208 aa  316  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  74.53 
 
 		 221 aa  309  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 211 aa  308  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  74.76 
 
 		 211 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  72.25 
 
 		 210 aa  303  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  71.9 
 
 		 210 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  73.56 
 
 		 208 aa  277  9e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 207 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 238 aa  93.2  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 210 aa  90.5  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 214 aa  89.4  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 216 aa  88.2  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 230 aa  65.1  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  27.86 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  26.29 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1515  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0038  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 191 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 229 aa  48.5  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0047  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 191 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 232 aa  48.5  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1711  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 219 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.678609 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1809  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300582  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1392  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1856  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0028  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 191 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35435 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1790  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.305772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 254 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 245 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 219 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9078  putative transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3421  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 206 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6386  regulatory protein, TetR  35.62 
 
 		 510 aa  46.2  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 229 aa  45.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2032  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 213 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.44645  normal  0.684987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 206 aa  45.8  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 191 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4936  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 211 aa  45.4  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 219 aa  45.1  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  45.4  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 217 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2569  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 197 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.498768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 202 aa  45.1  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5570  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 198 aa  45.1  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 125 aa  45.1  0.0009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0593  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  45.1  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.65008  normal  0.136354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0161  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 206 aa  45.1  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4636  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 227 aa  44.3  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100753  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  48.78 
 
 		 217 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 223 aa  45.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0373  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  39.13 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5089  putative transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1394  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.546688  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  30.61 
 
 		 198 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 202 aa  43.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 332 aa  43.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  41.1 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 201 aa  43.5  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2422  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.789804  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3809  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 224 aa  43.5  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 220 aa  43.1  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  40.38 
 
 		 193 aa  43.5  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 193 aa  43.5  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1851  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 162 aa  43.1  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 178 aa  43.5  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>