51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4616 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  66.18 
 
 		 219 aa  255  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 214 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 210 aa  108  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  34.83 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  35.38 
 
 		 224 aa  101  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  35.58 
 
 		 210 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 238 aa  96.7  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  33.83 
 
 		 211 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 211 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 246 aa  95.1  7e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 208 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  25.94 
 
 		 258 aa  48.5  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  25.96 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0451  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00762729  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  23.7 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1007  transcriptional regulator, TetR family  22.77 
 
 		 194 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.587433  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3253  transcriptional regulator  25 
 
 		 194 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0516477  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0736  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 194 aa  45.4  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0116381  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_1790  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.305772  normal  1 
 
 
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NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1856  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1809  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300582  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2032  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.44645  normal  0.684987 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 206 aa  42.7  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 192 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 201 aa  42.4  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
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NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 197 aa  42.4  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
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NC_013441  Gbro_1882  regulatory protein TetR  23.15 
 
 		 204 aa  42.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  29.76 
 
 		 231 aa  42.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
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NC_014211  Ndas_5345  transcriptional regulator, TetR family  21.2 
 
 		 196 aa  42  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.745934  normal  0.0675507 
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 217 aa  42  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009674  Bcer98_3666  TetR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 194 aa  42  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_4122  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 207 aa  42  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.389931  normal  1 
 
 
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NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 233 aa  42  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 205 aa  42  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
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NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 203 aa  41.6  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
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