203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0242 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  99.04 
 
 		 210 aa  413  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  90.95 
 
 		 211 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  95.19 
 
 		 208 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  78.37 
 
 		 208 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  76.08 
 
 		 210 aa  323  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  76.08 
 
 		 224 aa  321  4e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  71.9 
 
 		 213 aa  290  1e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  66.03 
 
 		 211 aa  284  8e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  65.07 
 
 		 221 aa  280  9e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 238 aa  105  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 216 aa  104  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 210 aa  90.5  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 207 aa  87.8  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 228 aa  65.1  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  27.88 
 
 		 258 aa  55.1  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 254 aa  52  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  39.53 
 
 		 260 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0161  transcriptional regulator, TetR family  43.24 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4772  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 		 184 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1348  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 218 aa  49.7  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.593778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  24.86 
 
 		 264 aa  49.3  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 201 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  22.28 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 227 aa  48.9  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 232 aa  48.9  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  48.1  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1515  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 219 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1809  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300582  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1856  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1790  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.305772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 201 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 223 aa  48.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4737  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 218 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7950  putative transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1711  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.678609 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0038  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0047  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0028  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 214 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3458  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2181  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000940073  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1798  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 194 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 207 aa  46.2  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 214 aa  45.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 199 aa  45.4  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  37.8 
 
 		 205 aa  45.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2569  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 197 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.498768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 204 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 209 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 220 aa  45.1  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 210 aa  45.4  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  25.59 
 
 		 212 aa  45.1  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 206 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 206 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 206 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 199 aa  45.1  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5345  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.745934  normal  0.0675507 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 255 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1601  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1553  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 245 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1775  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1725  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 194 aa  44.7  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 212 aa  44.3  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  41.77 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  23.23 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2028  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.578288  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  28.23 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  36.63 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>