27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3239 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
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Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
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NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 216 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 219 aa  145  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 207 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 214 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  34.58 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 246 aa  102  7e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 210 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  34.12 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  33.65 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
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NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
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NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
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NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
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NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  25.48 
 
 		 258 aa  45.1  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
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NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
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NC_013174  Jden_0710  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 207 aa  42.7  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_0532  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 207 aa  42  0.007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0875801  normal  0.0277044 
 
 
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NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 205 aa  42  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
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NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 308 aa  42  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal  1 
 
 
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