196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0267 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  90.95 
 
 		 210 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 210 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  90.38 
 
 		 208 aa  344  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  78.85 
 
 		 210 aa  330  9e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  78.47 
 
 		 224 aa  329  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 208 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 213 aa  294  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  65.55 
 
 		 211 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  64.59 
 
 		 221 aa  279  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 238 aa  98.6  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 207 aa  96.3  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 214 aa  95.9  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  94.4  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 210 aa  91.3  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  28.22 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0161  transcriptional regulator, TetR family  43.24 
 
 		 206 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 250 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 254 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1809  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300582  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1856  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1348  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.593778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1790  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.305772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0038  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0047  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 260 aa  48.9  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 232 aa  48.9  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0028  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 191 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35435 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  32.67 
 
 		 198 aa  48.5  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  34.56 
 
 		 199 aa  48.5  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1711  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.678609 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1515  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 220 aa  47.8  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4737  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 218 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 229 aa  47  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 224 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  28.95 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1798  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2569  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.498768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3458  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 213 aa  46.2  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 199 aa  46.2  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  36 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  36 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  36 
 
 		 195 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  36 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  36 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  36 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 192 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 125 aa  45.4  0.0006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2181  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 189 aa  45.4  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000940073  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 228 aa  45.4  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  45.4  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 219 aa  45.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  36 
 
 		 192 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2028  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  45.4  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.578288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  38.96 
 
 		 205 aa  45.4  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7950  putative transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 218 aa  45.4  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1601  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 194 aa  45.1  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1553  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 194 aa  45.1  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1775  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 194 aa  45.1  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  27.5 
 
 		 204 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 199 aa  45.1  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 245 aa  45.1  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1725  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 194 aa  45.1  0.0009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 191 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  24.52 
 
 		 197 aa  44.3  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 201 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>