36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2249 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 210 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
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NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  32.35 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 230 aa  112  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 208 aa  105  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
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NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 210 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
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NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 210 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
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NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  29.61 
 
 		 211 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 211 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  29.52 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 238 aa  92.4  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 208 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
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NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
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NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  23.38 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_0566  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013510  Tcur_4772  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  23.38 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  25.25 
 
 		 208 aa  48.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  24 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  35.48 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_4025  regulatory protein, TetR  24.29 
 
 		 197 aa  45.1  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.865842 
 
 
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NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  21.18 
 
 		 215 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  24.85 
 
 		 212 aa  42.7  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  22.55 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014211  Ndas_5345  transcriptional regulator, TetR family  22.11 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.745934  normal  0.0675507 
 
 
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NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 213 aa  41.6  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
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