More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_35424 on replicon NC_011675
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011675  PHATRDRAFT_35424  predicted protein  100 
 
 		 311 aa  645    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.944358  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  36.04 
 
 		 200 aa  98.2  1e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 258 aa  93.6  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 245 aa  89.7  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 253 aa  89.4  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 249 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  34.45 
 
 		 235 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 238 aa  87.4  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 277 aa  85.9  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 228 aa  85.9  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 245 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  32.38 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  33.02 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  32.02 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  32.02 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.05 
 
 		 265 aa  82.4  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  32 
 
 		 256 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  29.52 
 
 		 256 aa  82  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  32.7 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  31 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  31.36 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  29.82 
 
 		 244 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  31.56 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  30.74 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  29.2 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  31.88 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  30.84 
 
 		 263 aa  79.3  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  32.85 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  29.87 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  31.76 
 
 		 268 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  30.81 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  31.88 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  31.73 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  32.23 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  31.4 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  31.4 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  31.4 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  31.76 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  31.02 
 
 		 648 aa  76.3  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  31.68 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  31.28 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  31.28 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  31.68 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  31.68 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  31.28 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  30.22 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  33.19 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  30.21 
 
 		 256 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  27.75 
 
 		 244 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  30.53 
 
 		 260 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  30.41 
 
 		 256 aa  72  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  30.53 
 
 		 260 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  34.95 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  32.31 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  26.96 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  28.57 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  28.57 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  29.22 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  28.57 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  29.02 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  28.04 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  28.57 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  28.57 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  28.51 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.82 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  28.79 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  29.74 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.95 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  28.34 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  32.22 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  30.62 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  28.51 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  28.34 
 
 		 364 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  33.15 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1191  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 		 328 aa  61.6  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.212206 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.67 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  26.09 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.84 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  29.2 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.4 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.48 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2644  pseudouridine synthase  28.45 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  25.62 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10250  predicted protein  28.07 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0592029  normal  0.114227 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  27.04 
 
 		 358 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  31.64 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  26.18 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  30.57 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>