More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0279 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  100 
 
 		 252 aa  526  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  52.32 
 
 		 241 aa  272  3e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  48.44 
 
 		 648 aa  251  8.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 287 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  48.36 
 
 		 287 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 287 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 287 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  49.58 
 
 		 256 aa  248  8e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 255 aa  246  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  46.89 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.58 
 
 		 270 aa  242  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  51.07 
 
 		 234 aa  242  5e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  48.32 
 
 		 284 aa  241  7e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  47.13 
 
 		 275 aa  241  9e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  53.7 
 
 		 252 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  49.79 
 
 		 250 aa  239  4e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  45.99 
 
 		 242 aa  238  8e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  47.5 
 
 		 284 aa  237  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  48.94 
 
 		 257 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  48.94 
 
 		 257 aa  236  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  48.73 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  48.94 
 
 		 257 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  47.48 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 256 aa  234  7e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  46.86 
 
 		 278 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  47.48 
 
 		 273 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  45.83 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  46.25 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  47.3 
 
 		 265 aa  232  4.0000000000000004e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  46.44 
 
 		 263 aa  232  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  46.03 
 
 		 258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  48.51 
 
 		 261 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  47.06 
 
 		 298 aa  230  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  47.26 
 
 		 244 aa  230  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  47.88 
 
 		 261 aa  230  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  46.89 
 
 		 266 aa  229  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  48.31 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  47.46 
 
 		 261 aa  228  5e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  48.31 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  45.83 
 
 		 256 aa  228  7e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  47.88 
 
 		 260 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  45.08 
 
 		 256 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  46.19 
 
 		 260 aa  214  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  46.19 
 
 		 260 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  46.19 
 
 		 260 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  46.19 
 
 		 260 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  46.19 
 
 		 260 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  41.22 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  44.68 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  48.66 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  43.46 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 244 aa  192  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  41.39 
 
 		 249 aa  184  8e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  42.34 
 
 		 277 aa  181  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  44.04 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 268 aa  175  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  41.56 
 
 		 268 aa  174  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.39 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  31.3 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.56 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  32.62 
 
 		 278 aa  115  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.06 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.62 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.27 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.16 
 
 		 316 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  32.34 
 
 		 560 aa  112  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  33.48 
 
 		 378 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 398 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1111  pseudouridine synthase, RluA family  31.14 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  33.82 
 
 		 200 aa  109  4.0000000000000004e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.78 
 
 		 319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.5 
 
 		 354 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 		 360 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.78 
 
 		 320 aa  108  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  35 
 
 		 222 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.37 
 
 		 322 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.91 
 
 		 329 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.91 
 
 		 329 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.92 
 
 		 318 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.8 
 
 		 319 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  35.9 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.88 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>