More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02767 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 238 aa  483  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  81.22 
 
 		 253 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  45.61 
 
 		 242 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 241 aa  198  6e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  45.38 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  42.47 
 
 		 648 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  44.58 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 252 aa  186  4e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  45.57 
 
 		 270 aa  182  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  47.95 
 
 		 246 aa  181  6e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  39.58 
 
 		 263 aa  180  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 285 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  39.58 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  44.17 
 
 		 273 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  43.72 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  42.45 
 
 		 287 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 256 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  37.8 
 
 		 256 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 260 aa  175  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  40 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  38.02 
 
 		 255 aa  175  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  40 
 
 		 260 aa  175  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  41.46 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 287 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 287 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  39.32 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  39.57 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  41.06 
 
 		 284 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 228 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  40.25 
 
 		 266 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  41.39 
 
 		 284 aa  168  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  40.25 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 284 aa  167  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  39.83 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  40.41 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  40.98 
 
 		 284 aa  167  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  39.83 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  39.42 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  38.77 
 
 		 225 aa  165  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  39.41 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  38.4 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  38.4 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  38.4 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  38.98 
 
 		 260 aa  162  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  42.17 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  38.17 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  45.41 
 
 		 268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  39.83 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  39.58 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  46.73 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  39.09 
 
 		 293 aa  158  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  42.24 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  34.17 
 
 		 252 aa  150  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.42 
 
 		 265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  32.38 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 319 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 258 aa  141  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.97 
 
 		 316 aa  118  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.56 
 
 		 322 aa  112  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.1 
 
 		 326 aa  112  7.000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.65 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.28 
 
 		 327 aa  108  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.51 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.51 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 349 aa  107  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.96 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.8 
 
 		 320 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.77 
 
 		 319 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.78 
 
 		 328 aa  105  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.36 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 286 aa  105  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 298 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  36.32 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  36.32 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  35.96 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.32 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  36.32 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.32 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.32 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  30.26 
 
 		 270 aa  103  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.32 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.34 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.48 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.34 
 
 		 319 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>