More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C3171 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 260 aa  534  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  99.23 
 
 		 260 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  99.23 
 
 		 260 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  99.62 
 
 		 260 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  99.23 
 
 		 260 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  89.8 
 
 		 260 aa  474  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  89.41 
 
 		 260 aa  472  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  84.5 
 
 		 261 aa  461  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  70.93 
 
 		 266 aa  387  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  71.92 
 
 		 260 aa  386  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  70.59 
 
 		 261 aa  380  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  69.92 
 
 		 256 aa  371  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  69.92 
 
 		 261 aa  371  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  66.41 
 
 		 257 aa  364  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  66.41 
 
 		 257 aa  364  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  66.41 
 
 		 257 aa  364  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  63.79 
 
 		 244 aa  323  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  61.28 
 
 		 256 aa  305  6e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  59.75 
 
 		 255 aa  302  4.0000000000000003e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 263 aa  280  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  57.02 
 
 		 234 aa  273  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  54.04 
 
 		 298 aa  266  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  54.89 
 
 		 258 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  52.26 
 
 		 275 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  53.19 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 284 aa  258  7e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  50.42 
 
 		 256 aa  257  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  54.47 
 
 		 284 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  54.47 
 
 		 284 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  53.62 
 
 		 287 aa  254  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  53.62 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  53.62 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 241 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  53.19 
 
 		 287 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 256 aa  248  9e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  51.49 
 
 		 273 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  51.91 
 
 		 278 aa  245  4e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  48.81 
 
 		 252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 285 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  48.94 
 
 		 284 aa  239  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  49.12 
 
 		 265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  48.76 
 
 		 270 aa  229  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 242 aa  229  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  48.09 
 
 		 250 aa  223  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  39.36 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 252 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  44.69 
 
 		 648 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 245 aa  208  7e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  48.64 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  47.15 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  47.27 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  50.22 
 
 		 277 aa  192  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  49.53 
 
 		 249 aa  188  7e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  44.44 
 
 		 261 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  46.9 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  48.43 
 
 		 268 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  48.43 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.83 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 253 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 560 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 		 477 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.49 
 
 		 307 aa  117  9.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 		 477 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 339 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  33.91 
 
 		 223 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.32 
 
 		 224 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 334 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  35.27 
 
 		 341 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.6 
 
 		 323 aa  111  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.33 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  32.34 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  31.3 
 
 		 315 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  30.58 
 
 		 226 aa  109  5e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 329 aa  109  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  32.46 
 
 		 238 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 		 339 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 353 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  31.7 
 
 		 339 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.05 
 
 		 330 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>