More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1654 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  100 
 
 
286 aa  572  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.89 
 
 
436 aa  186  4e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.12 
 
 
368 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  44.35 
 
 
405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  46.81 
 
 
325 aa  178  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  42.08 
 
 
329 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  39.79 
 
 
364 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  46.52 
 
 
324 aa  168  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  40.23 
 
 
330 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.92 
 
 
330 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.79 
 
 
327 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  41.82 
 
 
327 aa  161  1e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  41.48 
 
 
326 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39 
 
 
326 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  40.68 
 
 
329 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.05 
 
 
318 aa  158  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
330 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.48 
 
 
458 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  38.67 
 
 
453 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  40.08 
 
 
501 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  41.92 
 
 
412 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.29 
 
 
330 aa  152  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  40.61 
 
 
455 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  40.17 
 
 
411 aa  151  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  40.77 
 
 
468 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  40.77 
 
 
468 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.77 
 
 
330 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  40.77 
 
 
446 aa  148  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  39.3 
 
 
444 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.65 
 
 
348 aa  145  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  38.56 
 
 
469 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 
471 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  38.55 
 
 
330 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  38.08 
 
 
346 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  38.98 
 
 
457 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.69 
 
 
346 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.23 
 
 
354 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  37.31 
 
 
346 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  34.12 
 
 
350 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.5 
 
 
307 aa  136  4e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  34.24 
 
 
349 aa  136  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 
329 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 
329 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.38 
 
 
339 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  40.89 
 
 
264 aa  135  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  38.58 
 
 
278 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.68 
 
 
348 aa  135  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.38 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.96 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.11 
 
 
348 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  37.66 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  39.22 
 
 
348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  35.52 
 
 
329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  35.52 
 
 
329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  43.04 
 
 
228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  35.52 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 
211 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.36 
 
 
320 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.96 
 
 
318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  36.15 
 
 
229 aa  129  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  36.4 
 
 
330 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.66 
 
 
319 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  41.07 
 
 
239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.51 
 
 
217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.24 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  35.8 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.58 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.07 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  33.46 
 
 
348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  37.24 
 
 
319 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  37.24 
 
 
319 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  37.24 
 
 
319 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.24 
 
 
319 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
226 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.24 
 
 
319 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.24 
 
 
319 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.56 
 
 
316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.24 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  35 
 
 
318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.73 
 
 
320 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  34.11 
 
 
318 aa  125  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  40.62 
 
 
239 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  41.48 
 
 
228 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.66 
 
 
326 aa  125  9e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.82 
 
 
319 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 
320 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.82 
 
 
319 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  38.74 
 
 
313 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.73 
 
 
320 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000697428  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  35.4 
 
 
255 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.47 
 
 
330 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 
407 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.82 
 
 
319 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.82 
 
 
319 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.18 
 
 
320 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.86 
 
 
315 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 
405 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.82 
 
 
319 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  40.76 
 
 
215 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>