More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_1763 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
330 aa  671    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  49.53 
 
 
329 aa  294  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.04 
 
 
348 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 
349 aa  285  8e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  47.34 
 
 
469 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  46.88 
 
 
471 aa  281  9e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  46.25 
 
 
468 aa  278  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  46.25 
 
 
468 aa  277  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 
457 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  46.25 
 
 
446 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.79 
 
 
354 aa  272  7e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.61 
 
 
348 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  44.51 
 
 
346 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  45.91 
 
 
325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.96 
 
 
327 aa  269  5e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  43.91 
 
 
364 aa  268  8e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.54 
 
 
346 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  44.25 
 
 
346 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  42.49 
 
 
350 aa  266  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.83 
 
 
458 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  43.38 
 
 
329 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  45.26 
 
 
330 aa  261  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.87 
 
 
326 aa  259  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  44.03 
 
 
455 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  44.34 
 
 
453 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  43.93 
 
 
501 aa  258  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  44.34 
 
 
412 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  42.33 
 
 
330 aa  255  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  41.62 
 
 
330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.34 
 
 
330 aa  253  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  42.11 
 
 
326 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  43.4 
 
 
444 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.67 
 
 
318 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  43.61 
 
 
411 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  40.8 
 
 
327 aa  250  2e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.44 
 
 
330 aa  250  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  45.27 
 
 
348 aa  248  7e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.08 
 
 
436 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 
324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.01 
 
 
368 aa  232  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  41.12 
 
 
405 aa  225  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.65 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.99 
 
 
308 aa  173  5e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.05 
 
 
328 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.02 
 
 
307 aa  158  9e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  36.45 
 
 
333 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  36.14 
 
 
333 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  35.18 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  35.83 
 
 
333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  39.29 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.2 
 
 
318 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.71 
 
 
332 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.18 
 
 
318 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.28 
 
 
318 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.88 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  35.48 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.86 
 
 
338 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.84 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  35.62 
 
 
343 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  32.67 
 
 
312 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  41.67 
 
 
228 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.1 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.81 
 
 
350 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  31.87 
 
 
325 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  34.05 
 
 
370 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  34.23 
 
 
354 aa  139  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  31.45 
 
 
319 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  34.03 
 
 
349 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  35 
 
 
323 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  30.89 
 
 
315 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.08 
 
 
327 aa  136  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.18 
 
 
316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  31.12 
 
 
345 aa  135  8e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.75 
 
 
315 aa  135  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
325 aa  135  9e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.12 
 
 
331 aa  134  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  39.58 
 
 
228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  33.02 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.04 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.51 
 
 
300 aa  133  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  35.27 
 
 
278 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  32.2 
 
 
319 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.23 
 
 
343 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  40.95 
 
 
264 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.61 
 
 
376 aa  132  6.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.39 
 
 
364 aa  132  9e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  29.07 
 
 
339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.25 
 
 
314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.41 
 
 
399 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  42.27 
 
 
224 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  32.38 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 
354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.38 
 
 
360 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.54 
 
 
315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  30.1 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  35.57 
 
 
264 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 
320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
346 aa  130  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  32.83 
 
 
318 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.54 
 
 
315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>