More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1495 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
354 aa  734    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  74.86 
 
 
354 aa  559  1e-158  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  76.23 
 
 
350 aa  553  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  77.03 
 
 
349 aa  552  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  72.54 
 
 
347 aa  534  1e-151  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  77.06 
 
 
363 aa  533  1e-150  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  68.9 
 
 
346 aa  508  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  47.49 
 
 
348 aa  314  9.999999999999999e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.78 
 
 
348 aa  310  2e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  47.55 
 
 
352 aa  310  2e-83  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  49.53 
 
 
341 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  47.08 
 
 
342 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  48.15 
 
 
347 aa  304  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.8 
 
 
356 aa  302  7.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  45.09 
 
 
343 aa  293  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.11 
 
 
356 aa  280  2e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  46.55 
 
 
355 aa  255  8e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 
345 aa  238  9e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.16 
 
 
309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  40.71 
 
 
320 aa  233  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  40.78 
 
 
315 aa  230  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  43.81 
 
 
323 aa  229  5e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.75 
 
 
306 aa  229  7e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.58 
 
 
303 aa  228  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
343 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  40.06 
 
 
342 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
304 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  39.69 
 
 
341 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.56 
 
 
334 aa  225  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.35 
 
 
302 aa  224  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39.52 
 
 
344 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.31 
 
 
347 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.07 
 
 
302 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.31 
 
 
334 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.38 
 
 
302 aa  224  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  40.5 
 
 
305 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.81 
 
 
306 aa  224  2e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.53 
 
 
304 aa  224  2e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.35 
 
 
303 aa  223  3e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.36 
 
 
341 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43.55 
 
 
304 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.75 
 
 
302 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.75 
 
 
302 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.75 
 
 
302 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  41.23 
 
 
303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.75 
 
 
302 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.44 
 
 
302 aa  223  6e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.75 
 
 
302 aa  222  6e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 
337 aa  222  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.94 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  40.98 
 
 
305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  40.44 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  40.25 
 
 
345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  39.51 
 
 
482 aa  220  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.19 
 
 
331 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  38.29 
 
 
313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.63 
 
 
326 aa  219  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  40.76 
 
 
334 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.35 
 
 
334 aa  219  6e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.37 
 
 
302 aa  219  7e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.12 
 
 
300 aa  219  7e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.74 
 
 
326 aa  219  7.999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.71 
 
 
343 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.41 
 
 
305 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.11 
 
 
349 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.01 
 
 
301 aa  218  1e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.26 
 
 
300 aa  218  2e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
343 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.98 
 
 
304 aa  218  2e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  41.25 
 
 
343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.62 
 
 
333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  39.69 
 
 
343 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.21 
 
 
310 aa  216  7e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.72 
 
 
322 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
360 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.19 
 
 
337 aa  215  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.32 
 
 
333 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  40.13 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.84 
 
 
326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.45 
 
 
402 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.93 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.13 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.48 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.53 
 
 
296 aa  213  4.9999999999999996e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  39.31 
 
 
336 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.11 
 
 
323 aa  211  1e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 
407 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  39.23 
 
 
339 aa  211  1e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.55 
 
 
324 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 
405 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  40.51 
 
 
400 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
310 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.08 
 
 
306 aa  211  2e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 
335 aa  210  3e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>