More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3129 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  77.68 
 
 
455 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  74.19 
 
 
458 aa  648    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  89.87 
 
 
453 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  77.17 
 
 
501 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  100 
 
 
444 aa  891    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  72.13 
 
 
411 aa  609  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  72.21 
 
 
412 aa  598  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  59.46 
 
 
446 aa  488  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  57.89 
 
 
468 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  57.68 
 
 
468 aa  479  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  68.26 
 
 
469 aa  472  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  67.96 
 
 
457 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  66.17 
 
 
471 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  60.61 
 
 
364 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.86 
 
 
326 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  55.24 
 
 
318 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  53.44 
 
 
326 aa  365  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.65 
 
 
327 aa  364  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  54.49 
 
 
327 aa  364  2e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  53.01 
 
 
350 aa  363  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  52.91 
 
 
330 aa  360  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  54.09 
 
 
329 aa  360  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  53.14 
 
 
330 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.75 
 
 
330 aa  352  5e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  52 
 
 
349 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.22 
 
 
348 aa  273  6e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.48 
 
 
330 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  45.6 
 
 
330 aa  259  8e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  42.73 
 
 
346 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.4 
 
 
330 aa  252  7e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  42.22 
 
 
325 aa  252  9.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.54 
 
 
348 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.38 
 
 
436 aa  250  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.57 
 
 
354 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.87 
 
 
346 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  41.87 
 
 
346 aa  246  8e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 
324 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  40.74 
 
 
329 aa  232  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  41.92 
 
 
348 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  40.12 
 
 
405 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.32 
 
 
368 aa  226  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.21 
 
 
307 aa  173  5e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.19 
 
 
315 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.19 
 
 
315 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.44 
 
 
316 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.89 
 
 
338 aa  162  9e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.61 
 
 
315 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  36 
 
 
343 aa  161  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  36.42 
 
 
313 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.78 
 
 
346 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 
364 aa  160  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.51 
 
 
318 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.51 
 
 
318 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  37.86 
 
 
319 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  36.76 
 
 
325 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  37.17 
 
 
315 aa  158  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  36.65 
 
 
318 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.86 
 
 
319 aa  158  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
319 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  37.54 
 
 
319 aa  156  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.92 
 
 
314 aa  156  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.03 
 
 
315 aa  156  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.89 
 
 
308 aa  156  8e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.46 
 
 
332 aa  156  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  37.04 
 
 
318 aa  155  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.13 
 
 
320 aa  156  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.89 
 
 
308 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.25 
 
 
319 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  36.1 
 
 
339 aa  155  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.25 
 
 
319 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.25 
 
 
319 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.28 
 
 
315 aa  155  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.25 
 
 
319 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.53 
 
 
319 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.38 
 
 
328 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.97 
 
 
320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  37.42 
 
 
329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.6 
 
 
318 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.71 
 
 
338 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.3 
 
 
334 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 
370 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  36.27 
 
 
318 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 
329 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.66 
 
 
352 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  36.1 
 
 
320 aa  150  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 
319 aa  150  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  35.37 
 
 
330 aa  150  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  34.31 
 
 
333 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  34.92 
 
 
324 aa  150  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
344 aa  150  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  37.46 
 
 
312 aa  150  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  35.8 
 
 
319 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  35.8 
 
 
329 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>