More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0090 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 349 aa  709    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  78.75 
 
 		 350 aa  553  1e-156  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  52.2 
 
 		 364 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  53.16 
 
 		 412 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.02 
 
 		 458 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  52.87 
 
 		 411 aa  363  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  53.16 
 
 		 469 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  52.29 
 
 		 501 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  52.01 
 
 		 457 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  53.85 
 
 		 446 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  52.57 
 
 		 455 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  53.3 
 
 		 471 aa  354  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  53.01 
 
 		 468 aa  353  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  53.01 
 
 		 468 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  52 
 
 		 444 aa  352  7e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  51.43 
 
 		 453 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  49.12 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.54 
 
 		 318 aa  322  6e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.67 
 
 		 326 aa  322  7e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  48.65 
 
 		 326 aa  322  7e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.22 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  47.94 
 
 		 329 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.09 
 
 		 330 aa  309  5e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  47.51 
 
 		 330 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 330 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  52.07 
 
 		 330 aa  296  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.13 
 
 		 330 aa  285  9e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.31 
 
 		 330 aa  281  2e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.35 
 
 		 348 aa  278  7e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  46.09 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.43 
 
 		 348 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.51 
 
 		 346 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  46.24 
 
 		 325 aa  271  9e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  45.51 
 
 		 346 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 329 aa  265  8.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.87 
 
 		 436 aa  263  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 324 aa  263  4e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.82 
 
 		 354 aa  262  6.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.91 
 
 		 368 aa  246  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  43.37 
 
 		 405 aa  245  9e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  45.59 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.43 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.23 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.75 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.84 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  37.76 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.84 
 
 		 315 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.22 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.54 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.95 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  38.41 
 
 		 278 aa  156  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  35.08 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.28 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.64 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.54 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.72 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  34.11 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.43 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  34.9 
 
 		 325 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.04 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.34 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  36.95 
 
 		 344 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  34.34 
 
 		 318 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.63 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.04 
 
 		 300 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  36.04 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.73 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  35.19 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  34.82 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.01 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 325 aa  150  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  36.66 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.01 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  33.92 
 
 		 362 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.04 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 		 364 aa  149  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.12 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.65 
 
 		 320 aa  149  9e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  35.49 
 
 		 333 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.12 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  32.66 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.04 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  36.2 
 
 		 331 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  33.43 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  33.43 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.15 
 
 		 307 aa  146  6e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.82 
 
 		 329 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.82 
 
 		 329 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  36.26 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  33.93 
 
 		 329 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.63 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.07 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  34.88 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.99 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  33.42 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  37.09 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.61 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>